初心者です。railsで作成したアプリをHerokuでデプロイしていますがエラーで進めません

ここに質問の内容を詳しく書いてください。
初めてrailsでアプリケーションを作りました。それを公開しようと思い、githubとherokuでデプロイを行っていました。herokuに載っているコマンドを参考に順を追って実行していきましたが、「$ git commit -am "make it better"」を実行したときにエラーが出ました。

発生している問題・エラーメッセージ

Changes not staged for commit:
  (use "git add <file>..." to update what will be committed)
  (use "git restore <file>..." to discard changes in working directory)
  (commit or discard the untracked or modified content in submodules)
	modified:   vendor/bundle/ruby/2.5.0/bundler/gems/refile-46b4178654e6 (modified content)

no changes added to commit (use "git add" and/or "git commit -a")

このメッセージは「ファイルの変更箇所がgithubに反映されてない」という解釈をし、git addで指定されたファイルを追加し、git statusで見てみましたが、同じメッセージが表示されました。
そこで、他のファイルを変更し、git addしてみたところ、そちらはうまくいきました。
これはファイルに問題があるということなのでしょうか。