Q&A
前提・実現したいこと
RStudio Version 1.3.1093
Rや統計については初心者です。凡ミスしてたらごめんなさい。
多重代入法による欠損値補完を行い、GLM/GEEで解析を行いデータ統合をした時のオッズ比、95%CIの算出を試みたのですが、できていません。
該当のソースコード
R
1imppt<- mice(selection_pt, 2 m=10, 3 maxit=50, 4 method="pmm", 5 printFlag=FALSE, 6 seed=500) 7 8library(geepack) 9 10fit4 <- with(data=imppt, glm(motality~ISS+male+AgeYear+Arrival_Status_Systolic, family = binomial)) 11summary(pool(fit4))
term estimate std.error statistic
1 (Intercept) -5.11018206 0.557757212 -9.1620188
2 ISS 0.11882634 0.012483928 9.5183457
3 male 0.05113494 0.162262282 0.3151376
4 AgeYear 0.03860572 0.004864165 7.9367624
5 Arrival_Status_Systolic -0.02459009 0.002602772 -9.4476566
df p.value
1 4196.554 0.000000e+00
2 4188.116 0.000000e+00
3 4199.562 7.526729e-01
4 4199.313 2.664535e-15
5 4199.436 0.000000e+00
R
1fit5 <- with(data=imppt, geeglm(motality~ISS+male+ AgeYear+Arrival_Status_Systolic, family = binomial, id=instituteid, corstr="independence")) 2 3summary(pool(fit5))
term estimate std.error statistic
1 (Intercept) -5.11018206 0.630086788 -8.1102828
2 ISS 0.11882634 0.012405373 9.5786194
3 male 0.05113494 0.161791812 0.3160539
4 AgeYear 0.03860572 0.005175100 7.4598994
5 Arrival_Status_Systolic -0.02459009 0.003367883 -7.3013508
df p.value
1 4197.433 6.661338e-16
2 4187.900 0.000000e+00
3 4199.562 7.519773e-01
4 4199.398 1.045830e-13
5 4199.562 3.390621e-13
ということで、多重代入法ののちにGLM/GEEを施行することまではできました。
（各要素を適切な設定にできているかはわかりませんが）
試したこと
これらの結果から、オッズ比と９５％CIを算出したいのです。
ネットで検索して、該当しそうなコードを試してみました。
R
1library(epiDisplay) 2logistic.display(fit4)
Error in if (class(model)[1] != "glm" | class(model)[2] != "lm" | model$family$family != :
argument is of length zero
R
1exp(coef(fit4))
Error in exp(coef(fit4)) : non-numeric argument to mathematical function
R
1exp(confint(fit4))
Error in UseMethod("vcov") : no applicable method for 'vcov' applied to an object of class "c('mira', 'matrix')"
その他、multgeeというパッケージも有用そうでしたが、理解できず試みていません。
何かアドバイスがあればよろしくお願いいたします。
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