大量のmongoexport

Question

WindowsでMongoDB 4.0を使っています。

データの増加により、検索効率の悪化や容量の圧迫が気になっており、不要なデータをアーカイブしたいです。(そもそもサーバ構成時に問題があったという指摘はその通りです)
不要データをexportして、必要になったらIDを指定して該当データのみimportして復元できればと思います。

あるコレクションAについてはmongoexportに--queryを指定して対応できました。
次に、コレクションBのデータについて、A.ID = B.IDとなるデータを同様にexportしたいのですが、該当するIDが数万ほどあり、--queryを構成しても長すぎて弾かれてしまいます。

mongodumpで保存して、IDをキーに既存データは削除、必要になったらmongorestoreして対象データを探してimport、でも可能でしょうが、もう少し効率よくならないかと。

うまい方法がある、またはそもそもそういう使い方は想定されていないなどご意見頂戴できればと思います。