NetBeans8.1でインデントがおかしくなる

Question

閲覧どうもです。

最近NetBeansを使ってPHPで開発し始めました。
チーム内でコードの統一性を保つためにphp-cs-fixerと**.editorconfig**を導入したのですが、以下の環境・手順でインデントがおかしくなります。

条件

• NetBeans8.1
• 保存時にサーバ(VirtualBox)上にアップするように設定
• MoreEmacsプラグインを導入してEmacsキーバインディングを使用
• Windows10、OS X El capitanで確認済み

手順
0. コードを編集
0. Ctrl+x Ctrl+sで保存
0. 保存と同時にインデントやら空白やらが整形される
0. サーバに自動アップロード
0. 間違いに気づきCtrl+/でUndo
0. インデントぐちゃあ

具体的なインデント崩壊例

• 複数行に渡って書いたコードが一行に
• 編集箇所ではない場所に謎の空白が挿入される

複数行に渡る編集を行なった時に特に起きやすいです。
php以外のファイル、htmlファイルやjs、ctp(Cake)でも起きます。
現在は「保存した後はUndoしない」という対処法を取っているのですが、非常に不便です。
これはNetBeans8.1、php-cs-fixer、.editorconfigのいずれか、もしくは複合的なバグでしょうか？

同じ現象が起きている方、こういう対処法があるという方がいましたらお教えくださいm(_ _)m