SEOでサブドメインとメインのドメインでインデックスが別になってしまいます

Question

現在，　
サブドメイン - > HPとしてトップページ(heroku)
メインドメイン/homepage -> 記事が400個入っている(ロリポップ)
上記はそれぞれ別のサーバーです

サブドメインからの1機能として検索をかけてメインドメインのURLを渡しています

検索チェキを使ってインデックス数を見ましたが，サブドメインのインデックスにどうやらメインドメインの分が入っていません．

##やってみたこと
メインドメインの.httpaccessを常にサブドメインのトップページに向けるようにしました

##聞きたいところ

1.サブドメインのサイトマップに400個入れなければならないのか?
2.やはりサーバーを統一しないといけないのか？

初歩的な質問で申し訳ございません．

###質問の意図
これは別物としてgoogleに評価されてしまうということなのでしょうか？
SEOを強くするためにコンテンツとして多く持っておきたかったのでご質問をさせていただきました．

何卒よろしくお願いします

Comments

[maisumakun]

> サブドメインのインデックスにどうやらメインドメインの分が入っていません．

当然のことですが、それの何がどう問題なのでしょうか？

[mote]

お返事ありがとうございます．
これは別物としてgoogleに評価されてしまうということなのでしょうか？
SEOを強くするためにコンテンツとして多く持っておきたかったのでご質問をさせていただきました．

[CHERRY]

インデックスが別になるとは、どのような状態のことを言われているのでしょうか？