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R言語は、「S言語」をオープンソースとして実装なおした、統計解析向けのプログラミング言語です。 計算がとても速くグラフィックも充実しているため、数値計算に向いています。 文法的には、統計解析部分はS言語を参考にしており、データ処理部分はSchemeの影響を受けています。 世界中の専門家が開発に関わり、日々新しい手法やアルゴリズムが追加されています。

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Bioconductorのインストール

mardokH.M.

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R

R言語は、「S言語」をオープンソースとして実装なおした、統計解析向けのプログラミング言語です。 計算がとても速くグラフィックも充実しているため、数値計算に向いています。 文法的には、統計解析部分はS言語を参考にしており、データ処理部分はSchemeの影響を受けています。 世界中の専門家が開発に関わり、日々新しい手法やアルゴリズムが追加されています。

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投稿2020/07/14 07:31

前提・実現したいこと

RでBioconductorのインストールを行いたいのですが、

install.packages("BiocManager") で警告がありました

とメッセージ表示後ダウンロードは完了しているようなのですが

loadNamespace(name) でエラー:
‘BiocManager’ という名前のパッケージはありません

と表示が出てインストールが出来ません。
原因が全く不明であり対処法が分かりません。

発生している問題・エラーメッセージ

> if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) + install.packages("BiocManager") install.packages("BiocManager") で警告がありました > BiocManager::install() loadNamespace(name) でエラー: ‘BiocManager’ という名前のパッケージはありません

該当のソースコード

> if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) + install.packages("BiocManager") install.packages("BiocManager") で警告がありました: 'lib = "C:/Program Files/R/R-3.6.2/library"' は書き込み可能ではありません --- このセッションで使うために、CRAN のミラーサイトを選んでください --- URL 'https://cloud.r-project.org/bin/windows/contrib/3.6/BiocManager_1.30.10.zip' を試しています Content type 'application/zip' length 100311 bytes (97 KB) downloaded 97 KB パッケージ ‘BiocManager’ は無事に展開され、MD5 サムもチェックされました ダウンロードされたパッケージは、以下にあります C:\Users\大輝\AppData\Local\Temp\RtmpOe9rY6\downloaded_packages > BiocManager::install() loadNamespace(name) でエラー: ‘BiocManager’ という名前のパッケージはありません >

試したこと

以前までバージョンを4.0.0で行っていましたが、同じ状況が発生したためバージョンを3.6.2に切り替えました。
https://www.bioconductor.org/install/ このサイトに載っているコマンドを試しましたが同じことが起きました。

補足情報(FW/ツールのバージョンなど)

現在使用しているバージョンは3.6.2でインストールを行なおうとしています。
CRAN のミラーサイトはJapan(Tokyo)を使用しました。

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ベストアンサー

Rを使うときは、日本語やスペースが一切名前に含まれていないディレクトリを使ってください。ライブラリのインストール先、データの置き場、作業用のスペースのいずれもです。

投稿2020/07/14 10:45

KojiDoi

総合スコア13692

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