NginxでのSSL証明書更新時にエラーになる原因がわかりません

Question

NginxのサーバーでSSL証明書を更新しようとしたのですが、
証明書ファイルを差し替え、confファイルを修正してNginx再起動前に

nginx -t

でconfigチェックすると

nginx: [emerg] SSL_CTX_use_PrivateKey("/etc/pki/tls/private/server.key") failed (SSL: error:0B080074:x509 certificate routines:X509_check_private_key:key values mismatch)
nginx: configuration file /etc/nginx/nginx.conf test failed

となります。

秘密鍵と証明書ファイルのペアチェックのため

openssl rsa -in [秘密鍵のパス] -modules -noout | openssl md5

と

openssl x509 -in [証明書ファイルのパス] -modules -noout | openssl md5

で、それぞれ出力される「(stdin)」の値は一致しています。

ペアに問題がないとすれば、他に何が原因として考えられるのでしょうか？

【追記】

証明書は、さくらのSureServer for SAKURA EVです。