Gemfileに反した内容のインストールが行われてしまう

Gemfileに反した内容のインストールが行われてしまいます

Ruby on Railsで開発していたら、途中からrails serverコマンドでエラーメッセージが出るようになってしまいました。

発生している問題・エラーメッセージ

Could not find gem 'sqlite3 (~> 1.3.6)' in any of the gem sources listed in your Gemfile.
Run `bundle install` to install missing gems.

sqliteが見当たらないからインストールしてくれ、という内容です。

該当のソースコード(Gemfile)

Gemfile
1# Use sqlite3 as the database for Active Record
2gem 'sqlite3', '~> 1.3.6'

ジェムファイルには正しい内容が記されていることがわかります。bundle installももちろん様々な方法で行いました。

試したこと

色々と試したのですが、一番問題の核心に近いと感じたのはbundle installをしてみたときのエラーコードです。

Fetching sqlite3 1.3.13
Installing sqlite3 1.3.13 with native extensions
Gem::Ext::BuildError: ERROR: Failed to build gem native extension.

current directory:
/usr/local/rbenv/versions/2.5.1/lib/ruby/gems/2.5.0/gems/sqlite3-1.3.13/ext/sqlite3
/usr/local/rbenv/versions/2.5.1/bin/ruby -r ./siteconf20200630-1672-f2dmx2.rb
extconf.rb
checking for sqlite3.h... no
sqlite3.h is missing. Try 'brew install sqlite3',
'yum install sqlite-devel' or 'apt-get install libsqlite3-dev'
and check your shared library search path (the
location where your sqlite3 shared library is located).
*** extconf.rb failed ***
Could not create Makefile due to some reason, probably lack of necessary
libraries and/or headers.  Check the mkmf.log file for more details.  You may
need configuration options.

Provided configuration options:
	--with-opt-dir
	--without-opt-dir
	--with-opt-include
	--without-opt-include=${opt-dir}/include
	--with-opt-lib
	--without-opt-lib=${opt-dir}/lib
	--with-make-prog
	--without-make-prog
	--srcdir=.
	--curdir
	--ruby=/usr/local/rbenv/versions/2.5.1/bin/$(RUBY_BASE_NAME)
	--with-sqlite3-config
	--without-sqlite3-config
	--with-pkg-config
	--without-pkg-config
	--with-sqlite3-dir
	--without-sqlite3-dir
	--with-sqlite3-include
	--without-sqlite3-include=${sqlite3-dir}/include
	--with-sqlite3-lib
	--without-sqlite3-lib=${sqlite3-dir}/lib

To see why this extension failed to compile, please check the mkmf.log which can
be found here:

/usr/local/rbenv/versions/2.5.1/lib/ruby/gems/2.5.0/extensions/x86_64-linux/2.5.0/sqlite3-1.3.13/mkmf.log

extconf failed, exit code 1

Gem files will remain installed in
/usr/local/rbenv/versions/2.5.1/lib/ruby/gems/2.5.0/gems/sqlite3-1.3.13 for
inspection.
Results logged to
/usr/local/rbenv/versions/2.5.1/lib/ruby/gems/2.5.0/extensions/x86_64-linux/2.5.0/sqlite3-1.3.13/gem_make.out

An error occurred while installing sqlite3 (1.3.13), and Bundler cannot
continue.
Make sure that `gem install sqlite3 -v '1.3.13' --source
'https://rubygems.org/'` succeeds before bundling.

In Gemfile:
  sqlite3

なぜかGemfileの内容と異なり「バージョン1.3.13」のSQlite3をインストールしようとして失敗しているんです。
Gemfileで記しているバージョンは1.3.6です。
何故このようなことが起こるのでしょうか？
試しにrails newで新しいアプリを作ってみたところ、そっちでも同じエラーが出ました。
対処法のご教授をよろしくお願いいたします。