解決しました。WSGIScriptAliasの最初の/は全てを表すようでcakephp3のアドレスにアクセスした際も動作してしまっていたようです。フォルダを指定するとcakephp3 の分もdjangoの分もapacheで正常に動作しました。
conf
1LoadModule wsgi_module modules/mod_wsgi-py36.cpython-36m-x86_64-linux-gnu.so
2
3WSGIScriptAlias / /var/www/html/django/wsgi.py
4WSGIPythonPath /var/www/django/
5
6<Directory /var/www/html/django>
7<Files wsgi.py>
8Require all granted
9</Files>
10</Directory>
conf
1LoadModule wsgi_module modules/mod_wsgi-py36.cpython-36m-x86_64-linux-gnu.so
2
3WSGIScriptAlias /django /var/www/html/django/wsgi.py
4WSGIPythonPath /var/www/django/
5
6<Directory /var/www/html/django>
7<Files wsgi.py>
8Require all granted
9</Files>
10</Directory>