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Java

Javaは、1995年にサン・マイクロシステムズが開発したプログラミング言語です。表記法はC言語に似ていますが、既存のプログラミング言語の短所を踏まえていちから設計されており、最初からオブジェクト指向性を備えてデザインされています。セキュリティ面が強力であることや、ネットワーク環境での利用に向いていることが特徴です。Javaで作られたソフトウェアは基本的にいかなるプラットフォームでも作動します。

Linux

Linuxは、Unixをベースにして開発されたオペレーティングシステムです。日本では「リナックス」と呼ばれています。 主にWebサーバやDNSサーバ、イントラネットなどのサーバ用OSとして利用されています。 上位500のスーパーコンピュータの90%以上はLinuxを使用しています。 携帯端末用のプラットフォームAndroidは、Linuxカーネル上に構築されています。

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1回答

4998閲覧

LinuxでJavaを用いたソフトを動かしたいのですが、エラーが出て困っています

Learnin

総合スコア10

Java

Javaは、1995年にサン・マイクロシステムズが開発したプログラミング言語です。表記法はC言語に似ていますが、既存のプログラミング言語の短所を踏まえていちから設計されており、最初からオブジェクト指向性を備えてデザインされています。セキュリティ面が強力であることや、ネットワーク環境での利用に向いていることが特徴です。Javaで作られたソフトウェアは基本的にいかなるプラットフォームでも作動します。

Linux

Linuxは、Unixをベースにして開発されたオペレーティングシステムです。日本では「リナックス」と呼ばれています。 主にWebサーバやDNSサーバ、イントラネットなどのサーバ用OSとして利用されています。 上位500のスーパーコンピュータの90%以上はLinuxを使用しています。 携帯端末用のプラットフォームAndroidは、Linuxカーネル上に構築されています。

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投稿2020/05/05 14:28

前提・実現したいこと

Linuxでjavaを用いたソフトを動かしたいと考えています。

発生している問題・エラーメッセージ

エラーが出てしまい困っています。

Picked up JAVA_TOOL_OPTIONS: -XX:+UseSerialGC -Xmx64m -Xms32m Unrecognized option: -jar/home/norihide/Bamboo_GRAS_Di/picard/picard.jar Error: Could not create the Java Virtual Machine. Error: A fatal exception has occurred. Program will exit.

該当のソースコード

Linux

1PICARD="/home/norihide/Bamboo_GRAS_Di/picard/picard.jar" 2java -Xmx5g -jar${PICARD} CreateSequenceDictionary REFERENCE=${Reference} OUTPUT=${DICT} 3 4※picardというソフトウェアを使おうとしています。 5

試したこと

ヒープサイズの問題なのかと思い、Xmx及び、Xmsを512m~16gまで変更してみたり、したのですが、どうしても動きません。なのかこれが問題なのではないか…というアイディアをいただけないでしょうか?

補足情報(FW/ツールのバージョンなど)

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m.ts10806

2020/05/05 14:34

エラーが至るまでにどのような手順で実行されたのか、まで具体的に記載してください。 場合によっては動作させようとしたコードも必要かと思います
Learnin

2020/05/05 14:49 編集

実行環境は外部のコンピューターにsshで接続して実行しています。 コードとしては、 !/bin/bash set -euo pipefail PICARD="/ファイルのパス/picard.jar" #picard.jarが動かしたいjavaを用いたソフト Reference="/ファイルのパス/○○.fasta" DICT="/ファイルのパス/○○.dict" #上記ソフトでは○○.fastaのデータから○○.dictのファイルを作る java -Xmx512m -Xms512m -jar${PICARD} CreateSequenceDictionary REFERENCE=${Reference} OUTPUT=${DICT}
Learnin

2020/05/05 14:50

実行は、 ./シェルスクリプト.sh で行っています。(シェルスクリプトは、前述の内容)
guest

回答1

0

ベストアンサー

java -Xmx5g -jar ${PICARD} CreateSequenceDictionary REFERENCE=${Reference} OUTPUT=${DICT}

-jar と ${PICARD} の間に半角のスペースを入れてみてください。

Unrecognized option は、「認識されないオプション」という意味です。

投稿2020/05/05 14:38

編集2020/05/05 14:39
Yasumichi

総合スコア1773

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Learnin

2020/05/05 14:55

Yasumichiさん、ありがとうございます。動きました! なぜだめなのかわからず、相当時間がかかっていたので本当に助かりました。ありがとうございます!!
guest

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