フォルダを二つに分割したら、「require is not defined」というエラーが発生しました。

原因らしきもの?（追記）

webpackでバンドルしたソースコードを見てみると、今までwebpack_require__だった箇所がrequireのままになっていました。ここら辺がエラーの原因のような気がします。
どのようにしたらrequireをwebpack__require__に置き換えできるのでしょうか?

概要

参考

ルートディレクトリにwebとdesktopフォルダを作成して、そこにsrcフォルダを入れました。（今まではルートディレクトリに直接srcが配置されていました。）
するとdesktopフォルダ側で「require is not defined」というエラーが発生するようになってしまいました。このエラーを解消したいです。

ディレクトリ構造(追記)

旧

※エラーは発生しませんでした

新

web
-　　src
desktop
-　　src

※srcは旧srcをコピペした物です。このディレクトリ構造にした所、エラーが発生しました。

ソースコード

恐らく以下のソースコードが原因ではないかと思っています。
それぞれのエントリポイントの拡張子がjsファイルとtsxファイルです。

module.exports = [
  {
    mode: "production",
    entry: {
      main: "./desktop/src/electron/index.js", // ここと
    },
    output: {
      path: path.join(__dirname, "public/desktop"),
      filename: "index.js",
    },
    module: {
      rules: [
        {
          enforce: "pre",
          test: /.tsx$/,
          exclude: /node_modules/,
          loader: "eslint-loader",
          options: { fix: true },
        },
        {
          test: /.tsx?$/,
          use: "ts-loader",
        },
        {
          test: /.html$/,
          use: [
            {
              loader: "html-loader",
              options: { minimize: true },
            },
          ],
        },
      ],
    },
    resolve: {
      extensions: [".tsx", ".ts", ".js", ".json"],
    },
    target: "electron-renderer",
    plugins: [
      new HtmlWebPackPlugin({
        template: "./desktop/src/index.html",
        filename: "./index.html",
      }),
    ],
  }, // electron
  {
    mode: MODE,
    entry: "./web/src/index.tsx", // ここ?
    output: {
      path: path.join(__dirname, "public"),
      filename: "bundle.js",
    },
    module: {
      rules: [
        {
          enforce: "pre",
          test: /.tsx$/,
          exclude: /node_modules/,
          loader: "eslint-loader",
          options: { fix: true },
        },
        {
          test: /.tsx?$/,
          use: "ts-loader",
        },
        {
          test: /.html$/,
          use: [
            {
              loader: "html-loader",
              options: { minimize: true },
            },
          ],
        },
      ],
    },
    resolve: {
      extensions: [".tsx", ".ts", ".js", ".json"],
    },
    plugins: [
      new HtmlWebPackPlugin({
        template: "./web/src/index.html",
        filename: "./index.html",
      }),
    ],
  },
];