日本語をサポートしていないからではないですか?
あなたが何を参考にし、どういう手順でWhonixシステムを構築したか、そしてどのアプリケーションで日本語が文字化けしているのかが分からないので、具体的な解決方法は伝えようがありません。
(Whonixというのはインストールしただけで、どのアプリケーションでも日本語を表示できるのですか?)
一般的には、OSのインストール時に言語を指定すると、必要なパッケージをインストールするようになっているか、OSのインストールが終了した後、必要な言語のパッケージをインストールするかのどちらかです。
昔のLinuxのconsoleでは日本語は表示できませんでした(日本語を表示するkonsoleというものがありました)
アプリケーションが日本語をサポートしていないと日本語は表示できないのです。
もし、あなたが参考にしたwebページが英語のもので、英語のことしか念頭にないものならば日本語の表示は諦めるしかないかもしれません。
参考までに、ある日本語のwebページでは日本語のfontをインストールするように指示していました。