atomでRemote-ftpの設定の仕方を教えてください。

Question

お世話になっております。
ATOMでremote-ftpの設定をしましたが、リモートパスの指定したフォルダにアップされません。

configは下記のように書き換えコネクトできます。

{
    "protocol": "sftp",
    "host": "ホスト",
    "port": "ポート番号",
    "user": "ユーザー",
    "pass": "",
    "promptForPass": false,
    "remote": "リモートパス",
    "local": "",
    "agent": "",
    "privatekey": "秘密鍵がある場所",
    "passphrase": "パスフレーズ",
    "hosthash": "",
    "ignorehost": true,
    "connTimeout": 10000,
    "keepalive": 10000,
    "keyboardInteractive": false,
    "keyboardInteractiveForPass": false,
    "remoteCommand": "",
    "remoteShell": "",
    "watch": [],
    "watchTimeout": 500
}

を記載しています。

RemoteFTP→create sftp configを選択すると、

プロジェクトのフォルダ
ーdestフォルダ（コンパイルされたものが吐き出される場所）
ーsrcフォルダ(pugなど入っている場所)
.ftpconfig

の場所に生成されます。（dest配下には生成されない）

変更したindex.htmlをアップロードすると

リモートパス/dest/index.html
など、フォルダごとUPされてしまいます。

リモートパス/index.html
のディレクトリ構造でUPしたいのですが、修正点はありますでしょうか。

アップの際にエラーは出ません。