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R言語は、「S言語」をオープンソースとして実装なおした、統計解析向けのプログラミング言語です。 計算がとても速くグラフィックも充実しているため、数値計算に向いています。 文法的には、統計解析部分はS言語を参考にしており、データ処理部分はSchemeの影響を受けています。 世界中の専門家が開発に関わり、日々新しい手法やアルゴリズムが追加されています。

Q&A

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RでCox比例ハザードモデルのcalibration

Hekiqoo

総合スコア4

R

R言語は、「S言語」をオープンソースとして実装なおした、統計解析向けのプログラミング言語です。 計算がとても速くグラフィックも充実しているため、数値計算に向いています。 文法的には、統計解析部分はS言語を参考にしており、データ処理部分はSchemeの影響を受けています。 世界中の専門家が開発に関わり、日々新しい手法やアルゴリズムが追加されています。

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投稿2020/03/06 21:16

前提・実現したいこと

Rを用いて,COX比例ハザードモデルによる予測モデルを、calibration plotを使用して比較したいと思っています。

発生している問題・エラーメッセージ

fit must be from lrm or ols

該当のソースコード

R

1# Data roading 2n226<-read.csv("n226.csv",sep=",",header=TRUE) 3attach(n226) 4S<-Surv(time,status) 5 6# library roading 7library(rms) 8library(survival) 9library(MASS) 10library(survC1) 11 12# n226.cox:【フルモデル;変数選択なし】 13n226.fullcox<-coxph(Surv(time,status==1)~bmnom+kps+cx+prctrl+age+sex+bmsize+extra+interval+location,data=n226) 14summary(n226.fullcox) 15plot(survfit(n226.fullcox)) 16# n226.step:stepAICによる【変数選択済モデル】 17AIC(n226.fullcox) 18n226.step<-stepAIC(n226.fullcox) 19AIC(n226.step) 20summary(n226.step) 21 22cal <- calibrate(n226.step,cmethod=c('hare', 'KM'),method="boot",surv=TRUE,time.inc=u) 23plot(cal, 24 subtitles=FALSE, 25 conf.int=TRUE, 26 cex.subtitles=.75, 27 riskdist=FALSE, 28 add=FALSE, 29 scat1d.opts=list(nhistSpike=1000), 30 par.corrected=list(col="red",lty=4,lwd=4)) 31

S3 method for class 'cph'

rmsパッケージについて上記の記載(27ページ)を参照してソースを記載しましたが,
なぜ上記エラーが出るのか理解できず苦しんでおります.
どなたかお助け頂ければ幸いです.

calibrate(fit, cmethod=c('hare', 'KM'),
method="boot", u, m=150, pred, cuts, B=40,
bw=FALSE, rule="aic", type="residual", sls=0.05, aics=0, force=NULL,
estimates=TRUE,
pr=FALSE, what="observed-predicted", tol=1e-12, maxdim=5, ...)

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