SRST2でのVFDBにおけるエラーコード

textfullgenesEscherichia_VF2_clustered__results.txt

及び text__genes__Escherichia_VF2_clustered__results.txtの出力結果を得たい。

ここに質問の内容を詳しく書いてください。
srst2でのVFDB実行中に次のようなエラーメッセージが出ました。

srst2は、薬剤耐性遺伝子や血清型、病原性遺伝子などを検出するために用いるプログラムです。
そのsrst2でvfdbを用いて、病原性遺伝子を検出します。

そのvfdb実行中に以下のエラーメッセージが表示されました。

IndexError: list assignment index out of range

全部で276株ある中、VFDBが実行できなかったのは71株です。
その為、コマンド(以下)が間違っている可能性は低いです。

srst2 --input_pe /home/iwashita/work/Iguchi/read/APJ-1_S215_L002_R1_001.fastq /home/iwashita/work/Iguchi/read/APJ-1_S215_L002_R2_001.fastq --output APJ-1 --forward _R1 --reverse _R2 --log --gene_db Escherichia_VF2_clustered.fasta

以前に、大腸菌でない株が混じっているときは結果が出力されませんでしたが、今回は全てを確認したわけでは有ませんがBLASTNで確認したところ、大腸菌で間違い無いと思われます。

別のログを確認したところ

01/16/2020 16:09:59 Processing Bowtie2 output with SAMtools...
01/16/2020 16:09:59 Generate and sort BAM file...
01/16/2020 16:09:59 Running: /home/software/bin/samtools-0.1.18 view -b -o APJ-1__APJ-1.Escherichia_VF2_clustered.unsorted.bam -q 1 -S APJ-1__APJ-1.Escherichia_VF2_clustered.sam.mod
01/16/2020 16:10:03 Running: /home/software/bin/samtools-0.1.18 sort APJ-1__APJ-1.Escherichia_VF2_clustered.unsorted.bam APJ-1__APJ-1.Escherichia_VF2_clustered.sorted
01/16/2020 16:10:12 Deleting sam and bam files that are not longer needed...
01/16/2020 16:10:12 Deleting APJ-1__APJ-1.Escherichia_VF2_clustered.sam
01/16/2020 16:10:12 Deleting APJ-1__APJ-1.Escherichia_VF2_clustered.sam.mod
01/16/2020 16:10:12 Deleting APJ-1__APJ-1.Escherichia_VF2_clustered.unsorted.bam
01/16/2020 16:10:12 Generate pileup...
01/16/2020 16:10:12 Running: /home/software/bin/samtools-0.1.18 mpileup -L 1000 -f Escherichia_VF2_clustered.fasta -Q 20 -q 1 -B APJ-1__APJ-1.Escherichia_VF2_clustered.sorted.bam
01/16/2020 16:10:14 Processing SAMtools pileup...

結果が出力されている株と異なり、この時点で終了しています。

正く実行されている株は、上記ログに続き以下があります。

01/10/2020 16:05:20 Processing SAMtools pileup...
01/10/2020 16:05:27 Scoring alleles...
01/10/2020 16:05:51 Printing verbose gene detection results to APJ-10__fullgenes__Escherichia_VF2_clustered__results.txt
01/10/2020 16:05:53 223 genes identified in APJ-10
01/10/2020 16:05:53 Finished processing for read set APJ-10 ...
01/10/2020 16:05:53 Tabulating results for database Escherichia_VF2_clustered.fasta ...
01/10/2020 16:05:53 Finished processing for database Escherichia_VF2_clustered.fasta ...
01/10/2020 16:05:53 Gene detection output printed to APJ-10__genes__Escherichia_VF2_clustered__results.txt
01/10/2020 16:05:53 SRST2 has finished.

正く実行するためにどのようにすれば良いでしょうか、考えられる方法をご提案お願いします。