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mySQl文字化け Eclipseからは化けないのに

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jsp,tomcat,java,mysqlを使用し、Web画面より指定したファイル(CSV)の内容をデータベースへ登録する
プログラムを作成しております。

バージョンは以下の通りです。
tomcat:8.5
java:1.8
mysql:5.6

プログラム作成、および動作確認はEclipseから実施しており、
特に問題なく動作しているのですが、warからtomcat-webapps配下にデプロイして
実行したところ、csvに含まれる日本語が文字化けしています。

ログを出したところ、クライアント(Web画面)で指定したCSVファイルをメモリ上に展開する時は
文字化けは起きていないため、MySQLへInsertする際に起きていると思われます。
実際にDB登録値を確認すると、黒ひし形に?が埋め込まれた文字のようなものが入っております。


MySQLの文字コード設定かと疑い、多々サイトを参考にし、
MySQL-my.iniにある下記をutf8に設定しております。
・default-character-set
・character-set-server

また、jdbc-connectionに関しては、以下を指定済。
・useUnicode=true&characterEncoding=UTF-8

tomcat-catalina.batの107行目に以下を設定。
・set JAVA_OPTS=%JAVA_OPTS% -Xms512m -Xmx1024m -XX:MaxPermSize=512m -Dfile.encoding=utf-8

Eclipseでは起きない文字化けが、webappsで起きてしまうのは
どこか設定漏れがあるのでしょうか。
Eclipse、webappsの環境は同一PCで行っており、それぞれ複数バージョンが混在していることはありません。

皆様のお知恵をお借りしたいです。
よろしくお願いします。

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