こちらを参考にすると
Japanese_XJIS_100_CS_AI_KS_WS | "Japanese-XJIS-100, case-sensitive, accent-insensitive, kanatype-sensitive, width-sensitive"
で、大文字小文字がそもそも区別されているので、当初提示のコード
compare = (sortValue1.text().toLowerCase() > sortValue2.text().toLowerCase() ? 1 : -1);
のようにtoLowerCaseして比較しちゃだめだと思います。
上記に列挙している、大文字小文字区別、アクセント無視、カナの識別、全角半角区別を地道に実装するのが筋かもしれませんが、現実的には、
- ソートをサーバにしてもらう(ソートのときサーバに通信してソート結果を返してもらう)
- 質疑にもある、サーバ側をむしろjsにあわせる
のいずれかがいいと思います