現在の環境
OS Fedora
R version 3.4.1 (2017-06-30) -- "Single Candle"
arules 1.5-5
arulesViz 1.3-0
igraph 1.1.0
現在発生している現象と私の目標
まずは現状の説明
test.txtの中身を
sushi,otya
sushi,tako
sushi,ika
sushi,ika,tako
ika,tako
sushi,otya,tako,ika
とします。
その上で
R
1library(arules) 2library(arulesViz) 3library(igraph) 4test1.tr<-read.transactions(file="test.txt", quote="", sep=",", format="basket", encoding="UTF-8", rm.duplicate=T) 5test1.as <- apriori (test1.tr, p=list(support=0.01, confidence=0.01, maxlen=10, minlen=2, ext=T)) 6summary(test1.as) 7test1.igraph <- plot (test1.as, method="graph", control=list(type="itemsets")) #ここでplotしています 8write.graph (test1.igraph, "test1.gml", format="gml") #ここでgmlの書き出しを行っています。
このようなコマンドを叩くと、アソシエーション分析にかけられた結果をplotして、gmlというネットワークをテキスト化したものが書き出されます。
私の目標
大まかには上で実現されている通りでございます。
しかし、ひとつ問題が発生しており、書き出されるgmlが以前と変わっています。
以前の場合
gml
1graph 2[ 3 directed 1 4 node 5 [ 6 id 0 7 name "1" 8 label "{sushi}" 9 ] 10 node 11 [ 12 id 1 13 name "2" 14 label "{otya}" 15 ] 16 node 17 [ 18 id 2 19 name "3" 20 label "{ika}" 21 ] 22 ... 23 24 edge 25 [ 26 source 1 27 target 2 28 support 0.0137537029200169 29 confidence 0.833333333333333 30 lhssupport 0.0165044435040203 31 lift 7.95622895622896 32 ] 33 edge 34 [ 35 source 2 36 target 3 37 support 0.0137537029200169 38 confidence 0.131313131313131 39 lhssupport 0.104739737621667 40 lift 7.95622895622896 41 ] 42]
といった構造が書き出されていただのですが、なんらかの拍子に
gml
1graph 2[ 3 directed 1 4 node 5 [ 6 id 0 7 name "1" 8 label "ika" 9 support NaN 10 confidence NaN 11 lhssupport NaN 12 lift NaN 13 count NaN 14 ] 15 node 16 [ 17 id 1 18 name "2" 19 label "otya" 20 support NaN 21 confidence NaN 22 lhssupport NaN 23 lift NaN 24 count NaN 25 ] 26 node 27 [ 28 id 2 29 name "3" 30 label "sushi" 31 support NaN 32 confidence NaN 33 lhssupport NaN 34 lift NaN 35 count NaN 36 ] 37 38 ... 39 40 node 41 [ 42 id 4 43 name "assoc1" 44 label "" 45 support 0.166666666666667 46 confidence 0.25 47 lhssupport 0.666666666666667 48 lift 0.75 49 count 1 50 ] 51 node 52 [ 53 id 5 54 name "assoc2" 55 label "" 56 support 0.166666666666667 57 confidence 0.5 58 lhssupport 0.333333333333333 59 lift 0.75 60 count 1 61 ] 62 ... 63 edge 64 [ 65 source 1 66 target 4 67 ] 68 edge 69 [ 70 source 3 71 target 5 72 ] 73 edge 74 [ 75 source 1 76 target 6 77 ] 78]
このようにnode情報がラベルのみ。重みのみ。矢印方向のみ。という構造で出力されるようになりました。
私の思い当たる点で言うと、先日のアップデートによって挙動が変わったのでは?と考えています。
ですがどのライブラリをいくつのバージョンに戻せば良いか分からず、ネットでサーチをかけてもRのこれらの解決策は見つかりませんでした。
よろしくお願いいたします。
あなたの回答
tips
プレビュー