【WordPress】パーマリンク設定 .htaccessについて

WordPress4.3でテーマはTwenty fifteen1.3を使用しています。サーバはhetemlを使って運用しています。

.htaccessを変更したくて、サーバのWPのルートにFTPソフト経由で上書きアップロードすると、
一時的にはちゃんと変更されているんですが、サイトの記事ページにアクセスした時点で、上書きされる前の.htaccessに戻ってしまうという問題が発生していて、原因が全然わからずに困っています・・・

例えばそれは、パーマリンクの変更でも同じ事が起きていて、
デフォルトのパーマリンク設定の状態から、.htaccessのアクセス権を646とかに変更し、wordpress側でパーマリンクの設定を変更します。この時点ではちゃんと.htaccessを上書きできているので、それに関するアラートなど出ません。FTPソフト経由で更新日時や中身なども確認してちゃんと変更されている事を確認出来ています。
その後、変更したパーマリンク形式になっている記事ページへアクセスします。
この段階ではちゃんと記事ページが表示されますが、直後にFTPソフトで.htaccessの更新日時や中身などを見ると完全に前の状態、デフォルトのパーマリンク設定の状態に戻ってしまっており、そのままページをリロードしても当然404が表示されます。

もし何か解決の糸口になりそうな情報をご存知の方がいたら、教えていただきたいです。
よろしくお願いします！