Filezillaで差分だけをアップロードした場合の挙動

Question

初歩的な質問で失礼します。
テスト環境を作れない理由がありますが、ぐぐっても見当たらないためこちらで質問させていただきました。

前提・実現したいこと

Filezillaで管理するフォルダXがあります。Xのディレクトリ配下のファイル１００個のうち２０個ファイルが更新されているので
それをコマンドプロントのDiffで差分を抽出し、フォルダに差分のファイルのみが格納されています。
それをそのままFilezillaにアップロードしても空のフォルダが空のまま上書きされないか（おそらく大丈夫かと思いますが試すことができないので）心配で質問しました。
初歩的な質問ですみませんがよろしくお願いします。