MySQLで文字コードの変更が出来ない

Question

###実現したいこと
FreeBSD11.1でMySQLにPHPから単語を登録しても、なぜか値がNULLとなってしまいます。その原因は

+--------------------------+----------------------------------+
| Variable_name            | Value                            |
+--------------------------+----------------------------------+
| character_set_client     | utf8                             |
| character_set_connection | utf8                             |
| character_set_database   | latin1                           |
| character_set_filesystem | binary                           |
| character_set_results    | utf8                             |
| character_set_server     | latin1                           |
| character_set_system     | utf8                             |
| character_sets_dir       | /usr/local/share/mysql/charsets/ |
+--------------------------+----------------------------------+

のようにMySQLの文字コードがUTF8出でないからだと思いました。そこでMySQLの文字コードを変更するために/etc/my.cnfの設定を色々変更してみたのですが、全く文字コードが変わりません。Mysqlのリスタートも試してみました。文字コードの変更方法が分かる方回答お願いします。
###my.cnfの内容

# For advice on how to change settings please see                               
# http://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/en/server-configuration-defaults.html

[mysqld]

# Remove leading # and set to the amount of RAM for the most important data
# cache in MySQL. Start at 70% of total RAM for dedicated server, else 10%.
# innodb_buffer_pool_size = 128M

# Remove leading # to turn on a very important data integrity option: logging
# changes to the binary log between backups.
# log_bin

# These are commonly set, remove the # and set as required.
# basedir = .....
# datadir = .....
# port = .....
# server_id = .....
# socket = .....

# Remove leading # to set options mainly useful for reporting servers.
# The server defaults are faster for transactions and fast SELECTs.
# Adjust sizes as needed, experiment to find the optimal values.
# join_buffer_size = 128M
# sort_buffer_size = 2M
# read_rnd_buffer_size = 2M 
default-character-set=utf8
sql_mode=NO_ENGINE_SUBSTITUTION,STRICT_TRANS_TABLES   

###補足
MySQL5.6

Answer 1

DBやTABLEをつくるときにcollate指定すればよいのでは？

create table tbl (
id int primary key,
val varchar(30))
engine = InnoDB charset=utf8mb4 collate utf8mb4_unicode_ci;

Answer 2

FreeBSD 11.1 で ports からインストールしているのであれば

/etc/my.cnf

でなく

/usr/local/etc/mysql/my.cnf

でないかと思われます。
また文字コードの定義は

[mysqld]	
・・・略・・・
character-set-server            = utf8	

の記述になるかと思います。
また、既に作成済のデータベースは文字コードが決定済であれば、データベースの作成からやり直したほうがいいかと思います。

Answer 3

つmysql --help|grep my.cnf