アプリによって利用するWebブラウザーが異なる場合の運用方法

例えば、Windows10のパソコンで規定のWebブラウザーにIEが設定されているとします。

AアプリはIE、BアプリはChromeで利用するよう指定されている場合、
リンクを押すと、AアプリはIEで開けますが、BアプリもIEで開いてしまいます。

AアプリはIE、BアプリはChromeで開きたいのですが、
（抽象的な表現ですみませんが）システム的に制御する方法はあるのでしょうか。

以下2点を考えてみましたが、根本的な解決とは言えないと思っています。
・ショートカットに起動するWebブラウザーをパラメータ指定する。
・AアプリをIEのお気に入りに、BアプリをChromeのお気に入りに登録し、常にお気に入りから開く。

＞maisumakunさんのご指摘を受けて
事の発端は、社内メールで5つのアプリのURLリンクが送られてきたのがきっかけです。
3つはChrome、2つはIEで利用するアプリなのですが、
社内パソコンの規定のWebブラウザーが一律IEになっているため、
メールに記載されたリンクをクリックしても全てIEで開いてしまいます。

私は3つをChrome、2つをIEのお気に入りに登録し、
利用するアプリによってWebブラウザーを切り替えているのですが、
利用者側の立場として、他に解決できる方法が無いのか参考にお伺いしたいです。

本当はマルチブラウザ対応されるのがベストですが、
工数、予算の問題もありますし、容易では無いと思います。
暫定対応として、Webブラウザーの設定やグループポリシーで対応できるなら、
社内だけの話ですので、設定を配布すればよいと考えています。

利用者が少ないなら問題視しませんが、これから数百名単位で利用者が増えると聞いており、
参考になるご意見があれば、その情報をアプリを管理している者に提言したいと思います。