「閲覧履歴を消去すると履歴が消えてしまいます。」の具体的な操作方法がわからないのでなんとも言えませんが...
履歴削除で、どこまでのデータが消えるかは、Webブラウザの実装に依存する話ですね。
Chrome の場合、「Cookieと他のサイトデータ」を消去するとローカルストレージに保存したデータも一緒に消すようです。
「閲覧履歴」や「キャッシュされた画像とファイル」の項目だけを選択して、削除した場合は、ローカルストレージのデータは残っていました。
Chrome の設定画面を眺めてみましたが、履歴を削除する際に「ローカルストレージのデータを残す」という設定は見つかりませんでした。
他のWebブラウザで確認していませんが、おそらく同じような動作になっていると思います。
回答としては、「Webブラウザの閲覧履歴データを消去する機能を使わない」又は「ローカルストレージのデータを確実に残す方法はありません。」になります。(デフォルトが全てにチェックが入っているので、チェックを外すことを徹底したとしても間違えて消すことが多いでしょう。)
代案としては、すでにでていますが、「クライアントには、ログインセッションのCookie のみを保存して、それ以外の全てのデータはサーバー側に保存する。」ぐらいでしょうね。