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R言語は、「S言語」をオープンソースとして実装なおした、統計解析向けのプログラミング言語です。 計算がとても速くグラフィックも充実しているため、数値計算に向いています。 文法的には、統計解析部分はS言語を参考にしており、データ処理部分はSchemeの影響を受けています。 世界中の専門家が開発に関わり、日々新しい手法やアルゴリズムが追加されています。

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R上でWinBUGSを動かしたいのですが、WinBUGS側でエラーが出てしまいます。R/MCMC

hane_momiji

総合スコア8

R

R言語は、「S言語」をオープンソースとして実装なおした、統計解析向けのプログラミング言語です。 計算がとても速くグラフィックも充実しているため、数値計算に向いています。 文法的には、統計解析部分はS言語を参考にしており、データ処理部分はSchemeの影響を受けています。 世界中の専門家が開発に関わり、日々新しい手法やアルゴリズムが追加されています。

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投稿2018/01/31 17:25

編集2018/02/01 07:18

R上でWinBUGSを動かすためにR2WinBUGSというパッケージを使っています。
一度、WinBUGSで動作確認が取れたコードをRに移植してRの文法に置き換えたものが以下のコードになります。問題は、このコードの最後にあるbugs関数を使ったあとにWinBUGSが立ち上がるのですが、WinBUGSで一時ファイルが開けないというエラーメッセージが出てしまいます。
一時ファイルのフォルダには確かにここで指定されている"model.bug.txt"というファイルが存在するので、開けないという問題が何を指しているのかよくわかりません。
どなたか、R2WinBUGSを使ってMCMCを回したことのある方、教えて頂ければ幸いです。

R

1library(R2WinBUGS) 2 3model <- function() 4{ 5 for (i in 1:N) 6 { 7 y[i] ~ dpois(lambda[i]) 8 log(lambda[i]) <- b[1] + b[2]*i 9 } 10 for (j in 1:2) 11 { 12 b[j] ~ dnorm(0.0, 1.0E-6) 13 } 14} 15 16#filename <- file.path(tempdir(),"model.bug")#####この部分を書き直した##### 17filename <- file("C:\Rstudio\model.bug", "w") 18write.model(model, filename) 19 20#Data 21y <- c(15,11,14,17,5,11,10,4,8,10,7,9,11,3,6,1,1,4) 22N <- 18 23data <- list("y","N") 24 25#parameter setting 26parameter <- c("b") 27 28#initial value setting 29initial <- function(){ 30 list(b=c(0,0)) 31} 32 33#Start WinBUGS 34result <- bugs(data=data, inits = initial, parameters = parameter, 35 model.file="model.bug", n.chains = 3, n.iter = 10000, n.burnin=1000, n.thin = 2, 36 bugs.directory = "C:\Program Files\WinBUGS14", 37 working.directory = "C:\Rstudio",codaPkg = TRUE, debug=T) 38

また、WinBUGS側でのエラーは以下のようなものになります。

display(log)

check(C:/Users/Ÿ©—m/AppData/Local/Temp/RtmpueOG7F/model.bug.txt)
cannot open C:/Users/Ÿ©—m/AppData/Local/Temp/RtmpueOG7F/model.bug.txt
data(C:/Users/Ÿ©—m/AppData/Local/Temp/RtmpueOG7F/data.txt)
command #Bugs:data cannot be executed (is greyed out)
compile(3)
inits(1,C:/Users/Ÿ©—m/AppData/Local/Temp/RtmpueOG7F/inits1.txt)
command #Bugs:inits cannot be executed (is greyed out)
inits(2,C:/Users/Ÿ©—m/AppData/Local/Temp/RtmpueOG7F/inits2.txt)
command #Bugs:inits cannot be executed (is greyed out)
inits(3,C:/Users/Ÿ©—m/AppData/Local/Temp/RtmpueOG7F/inits3.txt)
command #Bugs:inits cannot be executed (is greyed out)
gen.inits()
command #Bugs:gen.inits cannot be executed (is greyed out)
thin.updater(2)
update(500)
command #Bugs:update cannot be executed (is greyed out)
set(b)
command #Bugs:set cannot be executed (is greyed out)
set(deviance)
command #Bugs:set cannot be executed (is greyed out)
dic.set()
command #Bugs:dic.set cannot be executed (is greyed out)
update(4500)
command #Bugs:update cannot be executed (is greyed out)
coda(,C:/Users/Ÿ©—m/AppData/Local/Temp/RtmpueOG7F/coda)
command #Bugs:coda cannot be executed (is greyed out)
stats(
)
command #Bugs:stats cannot be executed (is greyed out)
dic.stats()
DIC
history(*,C:/Users/Ÿ©—m/AppData/Local/Temp/RtmpueOG7F/history.odc)
command #Bugs:history cannot be executed (is greyed out)
save(C:/Users/Ÿ©—m/AppData/Local/Temp/RtmpueOG7F/log.odc)
save(C:/Users/Ÿ©—m/AppData/Local/Temp/RtmpueOG7F/log.txt)

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環境を持っていないので試せないのですが、
C:/Users/Ÿ©—m/
このディレクトリ名が気になります。たぶん漢字かヒラガナなんだろうと思いますが、想定している文字コードが違っていたりするのではないですか?
c:/mcmcのような半角英数字のみから成る作業ディレクトリで試してみてはどうでしょう。

投稿2018/01/31 17:32

KojiDoi

総合スコア13671

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hane_momiji

2018/02/01 06:49

回答ありがとうございます。現在、WinBUGS14をR3.4.3の環境で動かしています。 ご指摘の通り、ディレクトリ名が問題だったようで、c:/Rstudioのような作業ディレクトリにしたところ今までのエラーは消えました。 しかし、model.bugファイルを作成する箇所がうまくいっていないようで、model.bug.txtファイルをWinBUGSで読み込んだところ、空白のtxtファイルが出来上がってしまいました。 もし可能であれば、修正したコードの誤りがないかご指摘願えますでしょうか。(元の質問欄に加筆しました)
hane_momiji

2018/02/01 07:33

上の問題は、一先ず別の場所に作成したファイルを上のc:/Rstudioディレクトリにドラッグアンドドロップすれば解決できました。(おそらくより洗練された解決方法はあるとは思いますが...) そうしたところ、WinBUGSでMCMCを回すことが出来ましたのでベストアンサーとさせていただきました。本当にありがとうございました。
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