makeでのビルドが途中で止まってしまう

Question

やりたいこと　と困っていること
バイオインフォマティクス系のソフトウェア（https://sourceforge.net/projects/samtools/files/samtools/0.1.17/）の
インストールを試みていますが、以下のようなエラーが出てしまい、samtoolsという実行ファイルが形成されません。

自分で試したこと
解決法をさがして検索しているのですが、なかなかうまくいかず、こちらで質問させていただきました。
OSはmacOS 10.13.6, 10.15.7です。

installには、makeでインストールするように書いてあり、走り出すのですが、途中で止まります。
clang:error: とありますが、which clangで、/Users/usr/miniconda3/bin/clangは出ます。

Target: x86_64-apple-darwin19.6.0
Thread model: posix
InstalledDir: /Users/usr/miniconda3/bin

linkerコマンドというのは、私にはよく分かりません。(brewでinstallはできませんでした。)

よろしくお願いいたします。

$ make
(略)
3 warnings generated.
gcc -c -g -Wall -O2  -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 -I. bam2depth.c -o bam2depth.o
gcc -g -Wall -O2  -o samtools bam_tview.o bam_plcmd.o sam_view.o bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o bamtk.o kaln.o bam2bcf.o bam2bcf_indel.o errmod.o sample.o cut_target.o phase.o bam2depth.o -Lbcftools  libbam.a -lbcf -lcurses  -lm -lz
Undefined symbols for architecture x86_64:
  "___ks_insertsort_heap", referenced from:
      _ks_combsort_heap in libbam.a(bam_sort.o)
      _ks_introsort_heap in libbam.a(bam_sort.o)
ld: symbol(s) not found for architecture x86_64
clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation)
make[1]: *** [samtools] Error 1
make: *** [all-recur] Error 1

インストール注意書き compilationの途中で止まってしまう状態です。

System Requirements
===================

SAMtools depends on the zlib library <http://www.zlib.net>. Version 1.2.3+ is
preferred and with 1.2.3+ you can compile razip and use it to compress a FASTA
file. SAMtools' faidx is able to index a razip-compressed FASTA file to save
diskspace. Older zlib also works with SAMtools, but razip cannot be compiled.

The text-based viewer (tview) requires the GNU ncurses library
<http://www.gnu.org/software/ncurses/>, which comes with Mac OS X and most of
the modern Linux/Unix distributions. If you do not have this library installed,
you can still compile the rest of SAMtools by manually changing:
`-D_CURSES_LIB=1' to `-D_CURSES_LIB=0' at the line starting with `DFLAGS=', and
comment out the line starting with `LIBCURSES='.


Compilation
===========

Type `make' to compile samtools. If you have zlib >= 1.2.2.1, you can compile
razip with `make razip'.


Installation
============

Copy `samtools', `bcftools/bcftools' and other executables/scripts in `misc' to
a location you want (e.g. a directory in your $PATH). You may also copy
`samtools.1' and `bcftools/bcftools.1' to a directory in your $MANPATH such
that the `man' command may find the manual.

現在のファイルの中身　samtools.1は展開されておらず、samtoolsというファイルまでできるはずです。

AUTHORS		bam_color.c	bam_rmdupse.c	errmod.o	libbam.a
COPYING		bam_color.o	bam_rmdupse.o	examples	misc
ChangeLog	bam_endian.h	bam_sort.c	faidx.c		phase.c
INSTALL		bam_import.c	bam_sort.o	faidx.h		phase.o
Makefile	bam_import.o	bam_stat.c	faidx.o		razf.c
Makefile.mingw	bam_index.c	bam_stat.o	kaln.c		razf.h
NEWS		bam_index.o	bam_tview.c	kaln.h		razf.o
bam.c		bam_lpileup.c	bam_tview.o	kaln.o		razip.c
bam.h		bam_lpileup.o	bamtk.c		khash.h		sam.c
bam.o		bam_mate.c	bamtk.o		klist.h		sam.h
bam2bcf.c	bam_mate.o	bcftools	knetfile.c	sam.o
bam2bcf.h	bam_md.c	bedidx.c	knetfile.h	sam_header.c
bam2bcf.o	bam_md.o	bedidx.o	knetfile.o	sam_header.h
bam2bcf_indel.c	bam_pileup.c	bgzf.c		kprobaln.c	sam_header.o
bam2bcf_indel.o	bam_pileup.o	bgzf.h		kprobaln.h	sam_view.c
bam2depth.c	bam_plcmd.c	bgzf.o		kprobaln.o	sam_view.o
bam2depth.o	bam_plcmd.o	bgzip.c		kseq.h		sample.c
bam_aux.c	bam_reheader.c	cut_target.c	ksort.h		sample.h
bam_aux.o	bam_reheader.o	cut_target.o	kstring.c	sample.o
bam_cat.c	bam_rmdup.c	errmod.c	kstring.h	samtools.1
bam_cat.o	bam_rmdup.o	errmod.h	kstring.o	win32```

Comments

[melian]

Doesn't compile on Mountain Lion · Issue #15 · lh3/samtools · GitHub
https://github.com/lh3/samtools/issues/15

によれば、

> but clang is the default compiler for OSX 10.8 (and latest FreeBSD too). One simple (and correct) solution is to make the inlined function static.

とのことで、修正方法が書かれています。当方では動作確認が取れませんのでご参考までに。。。

[n2022]

ありがとうございます。引き続き質問が必要な状況です。
下記内容で、インライン機能をスタティックにする、というのは、

diff --git a/ksort.h b/ksort.h
index fa850ab..f8d8c4c 100644
--- a/ksort.h
+++ b/ksort.h
@@ -141,7 +141,7 @@ typedef struct {
tmp = *l; *l = l[i]; l[i] = tmp; ks_heapadjust_##name(0, i, l); \
} \
} \
- inline void __ks_insertsort_##name(type_t *s, type_t *t) \
+ static inline void __ks_insertsort_##name(type_t *s, type_t *t) \
{ \
type_t *i, *j, swap_tmp; \
for (i = s + 1; i < t; ++i) \

上記内容を直接makefileに書き込む、のでしょうか。それとも、static_textなどの名称で同一フォルダ内に保存し、makeコマンドの前に何か適切なコマンドを実行しておくのでしょうか。基本的なところからで申し訳ありませんが、よろしくお願いします。patchの仕方についても、教えていただけますとありがたく存じます。何かサイトを指定していただければ、頑張れるかもしれません。

[melian]

ソースコードに ksort.h というファイルがあるかと思います。そのファイルの 144 行目の行頭に static という文字列を追加して保存してから再度 make を実行してみて下さい。

[n2022]

ありがとうございました。書き加えた後のmakeで、エラーなく実行ファイルができて、パスを通してwhichで認識できるところまで行けました。10.15.7でもやってみます。途中で止まるだけでなく、何度もWarningが出てきたのですが、それも出てきませんでした。
ファイルの意味も少しずつ理解できるようになりましたが、まだ分からないところがたくさんあります。今後ともよろしくお願いいたします。

Answer 1

自己解決ではありませんが、同じフォルダ内のソースコードファイルをgithubに出ている方法で、static

を加筆することで、３日以上進まなかったところが解決しました。ありがとうございました。