アクセス禁止の方法について

Question

状況

最近になってサーバー全体として変な重さや遅さメモリ消費を感じてログを見たら、
変なアクセスが増えたのでアクセスを禁止しました。
すると拒否はしているようだけど、アクセス回数自体は逆に増えています。

以前は10分くらいでの間隔でのアクセスだったものが、
アクセスを禁止したら2,3分での複数回アクセスになってしまいました。
しかも発信元IPが都度変わっています。

環境

Pleskで管理しています。
運用サイトは「◯◯◯◯.example.com」のように「サブドメイン」付ドメインで運用しています。
サブドメイン無し「example.com」は使ってませんが、Webスペースとしてはあります。
Pleskではこれだけを無効にできません。無効化するとサブドメイン付きも無効になってしまう。

問題はこの「example.com」で起きています。

やったこと

当初はhosts.denyにIPアドレスを追記していましたが、それが多すぎて現実的では無いため、
example.com用のnginxに「deny all」だけを記述しました。

質問

拒否しているとは言え、ログが増えているのが気になります。
正しい対処方法や他に違ったやり方はありますか？