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R をupgrade(v4.2)したら、Seurat が動かない

akira5555

総合スコア1

RStudio

RStudioは、Rのプログラミングを効率化する統合開発環境です。統計計算とグラフィックスができるプログラミング言語であるRのIDEでOSSで公開されています。ソースコードやコンソールなどが一つの画面に見やすく配置されている点が特徴。コマンド名以外に、関数名やパッケージ名も補完できます。

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投稿2022/09/25 09:51

前提

もともと "R version 4.1.1 (2021-08-10)でSeuratを動かしていました.
しかし、the package "glmGamPoi" [which requires R (version "4.2") ],を動かすため "R-4.2.1.pkg (notarized and signed)"[https://cran.r-project.org/bin/macosx/]をインストール。すると、 Seuratが動かなくなりました。
versionにより動かなくなることがwebsiteに記載ありました。

実現したいこと

ここに実現したいことを箇条書きで書いてください。

  • Seurat  を  rstudioで動かせるように戻したい

発生している問題・エラーメッセージ

Warning: package ‘Seurat’ was built under R version 4.1.2Error: package or namespace load failed for ‘Seurat’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]): namespace ‘Matrix’ 1.3-4 is being loaded, but >= 1.5.0 is required

該当のソースコード

library(Seurat)

試したこと

R v4.2.1アンインストール、もともと動いていたR version 4.1.1 (2021-08-10) を再度インストールしました。しかし、下記のエラーの通り、R4.1.1でも動かなくなってしまいました。

補足情報(FW/ツールのバージョンなど)

もともとSeuratを動かせているときは
R version 4.1.1 (2021-08-10)
Platform: aarch64-apple-darwin20 (64-bit)
Running under: macOS Monterey 12.5
rstudioapi_0.13
を使用していました

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KojiDoi

2022/09/25 14:07

「下記のエラー」とは?
akira5555

2022/09/25 22:46

Library(Seurat) Warning: package ‘Seurat’ was built under R version 4.1.2Error: package or namespace load failed for ‘Seurat’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]): namespace ‘Matrix’ 1.3-4 is being loaded, but >= 1.5.0 is required というエラーです
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回答1

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ベストアンサー

前にも言ったとおり、不用意にバージョンアップせずに別環境を作るべきでした。
それはともかく、新バージョンのRのインストールに伴い、どこか別のライブラリが一緒にバージョンアップされてしまったか、環境変数が書き換わってしまったかで、従来のライブラリの組み合わせが使えなくなっているのでしょう。Seuratの復活だけを考えて、既存のR環境に影響を与えないように、別のところにRとSeuratの再インストールをするのが確実です。

投稿2022/09/26 05:28

KojiDoi

総合スコア13671

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