前提
前立腺画像を使ってnnUNet (https://github.com/MIC-DKFZ/nnUNet) で機械学習をしたいと考えています。以下のサイトを参照しながら前立腺画像Task05_Prostateをデカトロンデータに変換する際(?)にエラーが発生しました。
https://github.com/MIC-DKFZ/nnUNet/blob/master/documentation/dataset_conversion.md
実現したいこと
エラーを解決してnnUNetを使って機械学習させたいです。python歴は浅く、素人ですが、お力添えをいただけませんでしょうか?
発生している問題・エラーメッセージ
Please cite the following paper when using nnUNet:
Isensee, F., Jaeger, P.F., Kohl, S.A.A. et al. "nnU-Net: a self-configuring method for deep learning-based biomedical image segmentation." Nat Methods (2020). https://doi.org/10.1038/s41592-020-01008-z
If you have questions or suggestions, feel free to open an issue at https://github.com/MIC-DKFZ/nnUNet
nnUNet_raw_data_base is not defined and nnU-Net can only be used on data for which preprocessed files are already present on your system. nnU-Net cannot be used for experiment planning and preprocessing like this. If this is not intended, please read documentation/setting_up_paths.md for information on how to set this up properly.
nnUNet_preprocessed is not defined and nnU-Net can not be used for preprocessing or training. If this is not intended, please read documentation/setting_up_paths.md for information on how to set this up.
RESULTS_FOLDER is not defined and nnU-Net cannot be used for training or inference. If this is not intended behavior, please read documentation/setting_up_paths.md for information on how to set this up.
Traceback (most recent call last):
File "/Users/user/.pyenv/versions/3.9.13/bin/nnUNet_convert_decathlon_task", line 33, in <module>
sys.exit(load_entry_point('nnunet', 'console_scripts', 'nnUNet_convert_decathlon_task')())
File "/Users/user/nnUNetFrame/nnUNet/nnunet/experiment_planning/nnUNet_convert_decathlon_task.py", line 60, in main
split_4d(args.i, args.p, args.output_task_id)
File "/Users/user/nnUNetFrame/nnUNet/nnunet/experiment_planning/utils.py", line 53, in split_4d
output_folder = join(nnUNet_raw_data, "Task%03.0d_" % overwrite_task_output_id + task_name)
File "/Users/user/.pyenv/versions/3.9.13/lib/python3.9/posixpath.py", line 76, in join
a = os.fspath(a)
TypeError: expected str, bytes or os.PathLike object, not NoneType
該当のソースコード
ソースコード (nnUnet) ~/nnUNetFrame/dataset/nnUNet_raw/nnUNet_raw_data$ nnUNet_convert_decathlon_task -i Task05_Prostate ### 試したこと TypeError: expected str, bytes or os.PathLike object, not NoneType に対して、以下のサイトを参照しましたが、どのようにしたらよいかよくわかりませんでした。これを解決するための方法を教えていただきたいです、 https://github.com/MIC-DKFZ/nnUNet/issues/53 ### 補足情報(FW/ツールのバージョンなど) OS: M2 Mac
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