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  > ②xhprof.soはPHPをバージョンアップするたびにコンパイルしなおさないといけないのでしょうか？

 

  そのとおりです。「他のsoファイル」も、CentOSでPHP本体をアップデートすれば、そちらでアップデートが行われているはずです。