回答編集履歴
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以前teratailに[同じような質問](https://teratail.com/questions/49505)がありましたが、Cakephp3ではphinxというライブラリを使っており、それを一通り調べた感じだとMySQLからmigrationファイルを生成するような機能はなさそうです。
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なのでmigrationファイルを作る方法しかないと思います。
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例外として、初回だけは既存のDBからmigrationファイルを作れます。([マニュアル](http://book.cakephp.org/3.0/ja/migrations.html#id14)参考)
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以前teratailに[同じような質問](https://teratail.com/questions/49505)がありましたが、Cakephp3ではphinxというライブラリを使っており、それを一通り調べた感じだとMySQLからmigrationファイルを生成するような機能はなさそうです。
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なのでmigrationファイルを作る方法しかないと思います。
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Qiitaの記事[Phinx導入ガイド](http://qiita.com/macchaka/items/3decc5f48a15f00e188c)がとても良くまとまっていますので参考に
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> 基本的にテーブルを作っていく場合はmigrationを使っていった方がいいのでしょうか。
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外部に公開するなどの理由があるならmigrationを使ったほうがいいと思います。
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もし自社でのみ運用するのであれば、極端な話なんでもいいと思いますよ...運用次第かと。自分のプロジェクトではデプロイ先が限定されているし、デプロイツールなども特に使っていないので、未だにSQLファイルを機能単位で作成するような運用になっています。もちろん困ったら使うかもしれませんが、現状は別に困っていないですね。
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