回答編集履歴
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追記
test
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Atom から直接 c++ のコンパイルと実行を行うパッケージとしては、[gpp-compiler](https://atom.io/packages/gpp-compiler) などがありますから、こちらを試してみてはいかがでしょうか。こちらのパッケージは実行するとターミナル.appが立ち上がってそちらで実行される仕様となっています。
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####追記：
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gpp-compiler を入れて動かしたときのスクリーンショットです。
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Tree View から Control + クリックでメニューから"Compile and Run"、またはエディタのペインにカーソルを置いた状態で F5 キーを押せばターミナルが立ち上がって来るはずです。
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