回答編集履歴
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データベースは正規化されたものを扱うのが得意ですから、ファイルを高速に扱える言語で整形してからDBに取り込むのが一番だと思います。
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チェックなどは一時テーブルに流し込んで、その後に行うのでもいいでしょうし。
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ファイルを高速に処理できる言語として、以下参考にされて下さい。
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[8つの言語でテキストフィルタを書き比べた](http://d.hatena.ne.jp/eel3/20151102/1446476928)
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速度に大差ないなら、簡単な記述で処理が行えるような保守性の高い言語を選択した方が良いと思います。
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インターフェースの異なる形式を一つの形式に集約したいというのはままある話ですね。
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データベースは正規化されたものを扱うのが得意ですから、ファイルを高速に扱える言語で整形してからDBに取り込むのが一番だと思います。
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チェックなどは一時テーブルに流し込んで、その後に行うのでもいいでしょうし。
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