回答編集履歴
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追記2への追記（データがあっているかどうかという点に関して）
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追記(12/5)
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データの作成の仕方が興味のターゲットだという事ですので、追記された質問内容を元に確認しましたが、INPUTデータの作り方に致命的な間違いはありません。
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（この段落をさらに追記しました。）もうすこし、踏み込んで説明すると、「ドル円の4本値(Open/Close/High/Low)を与えられて、明日の4本値を予測するDNNを作る」という前提において、作成した入力、出力、訓練、テストのデータのフォーマットに間違いはありません。（それで本当に予測できるかどうかは別問題です）
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スライドをわかりやすくリンク
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[DNNによる為替レート予測（回答者解釈の邦題）](https://www.slideshare.net/t_koshikawa/predition)
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上と同じものをteratailとSlideshareの連携書式にてリンク[slideshare id=44584016&doc=finalpresentationhayashi-150212021625-conversion-gate01]
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[為替変動の定式化](http://imoz.jp/fx/fluctuation.html)
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作成データについては問題がありません。
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「DNNで分類と評価ができるプログラム」をつくることが目標でしょうか？
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それとも「日経平均の予測をするプログラムの作成」が目標でしょうか？
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それとも「~~日経平均~~**ドル円**(12/5修正teratailでは取り消し線が機能しないのですね。。。~~で囲まれた部分は取り消しです。)の予測をするプログラムの作成」が目標でしょうか？
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日経平均の予測をするのは、選択したテーマの難易度が高く結果がでにくいので、練習用のテーマとして答えが出るとわかっているものを改めて選択されたほうがよいかもしれない、と思います。
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~~日経平均~~**ドル円**(12/5修正)の予測をするのは、選択したテーマの難易度が高く結果がでにくいので、練習用のテーマとして答えが出るとわかっているものを改めて選択されたほうがよいかもしれない、と思います。
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ちなみに、金融商品の未来価格予測には、時系列の動向を反映できると比較的ましな結果がでることが分かっており、例えばRNNやLTSM等を使うことが推奨されています。
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研究が進みつつある分野ではありますが、難易度はちょっと高めです。
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追記(12/5)
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データの作成の仕方が興味のターゲットだという事ですので、追記された質問内容を元に確認しましたが、INPUTデータの作り方に致命的な間違いはありません。
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mkgreiさんの回答にあるように差分データを使用したり、対数変化率を使用したり、長期間のデータをINPUTに使用したり、（為替固有ですが）OPEN/CLOSEが異なるのは、週末GAPのみなので、CLOSEのみをデータに使用する、ということはありますが、FIT/PREDICT系の作法において作成データはあっています。
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繰り返しになりますが、作成データに問題が無くても、結果が伴うかどうかは別問題です。（予測可能な分析テーマではないという可能性があるためです）
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分析精度の向上を図るなら、ハイパーパラメータや利用する関数、最適化手法などはデータサイエンティストや学者さんがいろいろと試行錯誤されている領域なので、そちらを調査して未踏領域に踏み込んでみる事をお勧めします。
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次のSTEPに進む前に、基礎知識として、参考になるであろうリンクを以下に掲載します。
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[DNNによる為替レート予測（回答者解釈の邦題）](https://www.slideshare.net/t_koshikawa/predition)
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[為替変動の定式化](http://imoz.jp/fx/fluctuation.html)
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