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  「ファイルをマージする」という言い回しが気になります。

 

  gitが管理するのは「commit」単位であり、コミットというのは「（正確な表現ではないですが）変更操作」そのものを表します。操作はファイル単位ではないのです。そして、ブランチはその「コミットを数珠つなぎにした一連の変更の累積」と見ることができます。質問の「他ブランチを自ブランチにマージする」というのは、丁寧に言い換えると「他ブランチが積み重ねた変更操作を、自ブランチにも反映させる」ということになります。この表現が目的の操作と合致しているなら、その通りに「他ブランチを自ブランチにマージ」が正解の操作になります。