【Python】フォルダ内の画像ファイルを全て読み込んで，合計して平均値を出す

###前提・実現したいこと
Python初心者です。
フォルダ内のtifデータを全て読み込んで，合計したものを
平均値として1つのtifデータ（3000×3000）にまとめたいのですが，コードの書き方が分かりません。
フォルダ内のtifデータが1000近くあります。
よろしくお願い申し上げます。

###発生している問題・エラーメッセージ
全ファイルを読み込もうとしているのですが，何も読み込んでくれません。

###該当のソースコード

import os
import sys
import numpy
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
import matplotlib.cm as cm
import glob
from PIL import Image
import PIL

#ディレクトリ
path = "/media/student/data1"
path1 = "/media/student/data1/test/"

#test内のtif全読み込み（3000×3000pixcel）
datalist = glob.glob(path1 + ".tif")
for data in datalist:
	with open(data, 'r') as f:

        #合計値
		sum_v = sum(f)
　　　　#平均値
		ave = sum_v / len(path1)
		pil_img = Image.fromarray(ave)
		print "ave...ok"
        #allディレクトリで保存（avetest.tif）
		outdata = path + "/all/" + "ave" + test + ".tif"
		pil_img.save(outdata)
           
ここにご自身が実行したソースコードを書いてください

###試したこと

シェルで試そうとしていますが，わかりません。

###補足情報(言語/FW/ツール等のバージョンなど)

Python2.7.1

can110

2017/11/02 09:16

「ave = sum_v / len(path1)」の「len(path1)」はどんな値になると意図されていますか？

py-python

2017/11/02 09:37

ファイル数だと認識しています。

行動規範の内容に同意します

回答1件

全ファイルを読み込もうとしているのですが，何も読み込んでくれません。

glob.globに与えている引数がおかしいです。

Python
1path1 = "/media/student/data1/test/"
2datalist = glob.glob(path1 + ".tif")

これだと、/media/student/data1/test/.tifというファイルを見つけようとします。
次のように書けば、ワイルドカード指定をすることが出来ます。

Python
1path1 = "/media/student/data1/test/"
2datalist = glob.glob(path1 + "*.tif")

フォルダ内のtifデータを全て読み込んで，合計したものを

平均値として1つのtifデータ（3000×3000）にまとめたいのですが，コードの書き方が分かりません。

ご提示のコードを見ると、もう少し冷静に考えた方がよいのではないかと思ってしまいます。

Python

for data in datalist:
with open(data, 'r') as f:
# 合計値
sum_v = sum(f)
# 平均値
ave = sum_v / len(path1)
pil_img = Image.fromarray(ave)
print "ave...ok"
# allディレクトリで保存（avetest.tif）
outdata = path + "/all/" + "ave" + test + ".tif"
pil_img.save(outdata)


このコードだと、毎周『平均画像』を計算してしまいますが、それで良いのでしょうか。

一段階一段階確かめながら書いた方がいいかと思います。
特に慣れないうちは、一気に書いたプログラムが思い通りに動くことはないです。

投稿2017/11/02 06:38

編集2017/11/02 06:41

LouiS0616

総合スコア35660

py-python

2017/11/02 09:09

回答ありがとうございます。毎周平均画像を出すのではなくて，ディレクトリ内にある1000近くのtifファイルを全て読み込み，全積算したものを最終的に平均値として算出したいです。

LouiS0616

2017/11/02 09:16

やりたいことはなんとなくわかりますよ。ただ、私がここでコードを渡しても、おそらく理解できないでしょう。簡単なことから少しずつ試すといいんじゃないですかね。１. ファイル一つ一つの名前を表示する２. 画像の数値データを一つ一つ表示する３. 画像の数値データをすべて合計し、合計した結果を表示する４. 平均画像を計算し、数値データのまま表示する５. 平均画像を保存する最後まで出来たらタスククリアです。

LouiS0616

2017/11/02 09:17

というか、そもそもPILの機能を用いて画像を開けばいいんじゃないかとも思います。

py-python

2017/11/02 09:58

そうですね，手順としては1つのファイルを読み込んでいくのはわかるのですが，さらに新たなファイルを追加していく過程が分かりません。大量にデータがあるに加えて，調べても出ていないのが手止まりしている原因です。時間もないのでコードを提供していただけるとありがたいです。

LouiS0616

2017/11/02 10:01

合計を計算するためのNumPyインスタンスを用意(当然初期値はオールゼロですよ)して、それに毎周画像強度を足していけばよいです。気を付けないとハマる点は、オーバーフローくらいでしょうか。

LouiS0616

2017/11/02 10:03

質問者さんの理解の助けになると判断してコードを示すことはありますが、先ほども申し上げたように、おそらく理解できないと思います。今回デッドラインを私のコードで乗り越えたとしても、次にまた詰まります。コードを見ても、質問追記依頼のやり取りをみても、完全に勉強不足だと思います。