OnTriggerEnter2Dで接触判定がたまに無視されてしまう

スマホ用のパズルアプリを制作しております初心者です。（Unity5.6使用）
パズルピースをドラッグドロップで、
正解の位置のスロットにはめ込むというゲーム内容です。
（70個程のパズルピースがあります）

OnTriggerEnter2Dで接触判定しております。
パズルピースと正解スロットとの接触があった場合、以下の3つの命令を同時に実行しております。

1. パズルピースオブジェクトの一部分をDestroy
2. スロットオブジェクトの添付スクリプトをDestroy
3. パズルピースオブジェクトの添付スクリプトをDestroy

問題点
たいていの場合、3つの命令は問題なく作動するのですが、
だいたい数十回に1回ほどですが、接触判定後の上記の3つの命令が全て無視されます。

その他の問題の詳細

• 　PC上（MAC）でもスマホ実機上でも起こります
• 　パズルピースが70個のシーンでこの問題が起こり、パズルピースが10個のみのシーンでは起こらないようです。
• 　パズルピースのRigidbodyの「Sleeping Mode」を「Start Awake」にしても「Never Sleep」にしても起こります

無視された場合は、パズルピースをもう一度ドラッグし直して、
再び同じ位置のスロットにはめ直しをすると、3つの命令は実行されます。

対策（やってみた事）
接触判定が無視されてしまう事に対しての対策として、
FixedUpdate内にも、接触判定時と同様の上記の3つのの命令を入れました。
（もし削除希望のオブジェクトが残っていた場合に、実行されるように設定しました。）
※常時FixedUpdate内で判定を連続するとメモリ消費が大きいと思われるので、
フラグがtrueの時のみに判定を実行されるようにしております。
（ドラッグ終了時点でフラグをtrue、0.3秒後にフラッグをfalseと設定））

その結果、FixedUpdate内の命令が効いているようで、
接触判定が無視されることはなくなったようです。
（それによりRigitbody2DのSleeping ModeをStart Asleepにしました
「Start Asleep」がもっともメモリ消費が少ないと思われるので）

質問
2重に（OnTriggerEnter2DとFixedUpdate）で同じDestroyの命令を実行することに
不安を感じております。この方法はやはりおかしいでしょうか？
（ログを確認すると先にFixedUpdate内の命令が実行されているようで、
実際には、FixedUpdateのみが効いていて、OnTriggerEnter2Dの命令は効いてないと思われます）

何か別の方法はありませんでしょうか？
UpdateおよびFixedUpdateは遅く、メモリ消費も心配なので、できればUpdate、FixedUpdateを使用せずに
OnTriggerEnter2Dで確実に命令が実行される方法はないでしょうか？

すいませんが、ご教授よろしくおねがいいたします。

追記（やってみた事2）
「OnTriggerEnter2D」を「OnTriggerStay2D」に変更し、FixedUpdateの命令をやめてみましたが、
それでもまだ、ごくたまに上記1〜3の命令が、無視はされなくなったようですが、
命令実行のタイミングが若干遅れる事があります。

※さらに「FixedUpdateで上記1～3の命令を実行する場合」と、
「OnTriggerStay2Dで実行する場合」を比較すると「OnTriggerStay2D」の方が
多くメモリ消費しています。（大幅な差はありませんが）
（常時命令が呼び出されないように両方の方法ともに、フラグで命令の実行時間を制限しております）

※Rigidbody2Dの「Collision Detection」は「Continous」、
「Sleeping mode」は「Never sleep」に設定しております。

再度考えましたが、
シンプルなドラッグドロップのパズルゲームで、
静止してるスロットにパズルピースをドラッグして重ねるだけなので、
理論的には「OnTriggerStay2D」ではなく
最初に「OnTriggerEnter2D」で重なった瞬間のみ判定するほうが、
正しいような気がしております。

どうにか「OnTriggerEnter2D」で確実に命令を実行させる方法なないものでしょうか？
ご教授よろしくおねがいいたします。