webpackを使って、（複数ファイル）-> （複数ファイル）でbundleしたい

###状況

GolangでWeb開発をしようと思い勉強を始めたところです。
Progateなどで、HTML、Javascript、React、ES6、Golangの基礎を一通り勉強しました。
勉強してばかりでは良くないと思い、手を動かそうとおもい今回開発を始めてみようとしています。
ES6は今のブラウザが対応していないため、Babelを使って対応している下のバージョンにコンパイルする必要があります。いろいろ調べた結果、Webpack+Babelでやるのが良さそうということで採用しました。

###質問したいこと
いろんなサイトで使い方を調べていますが、「bundleとは複数のファイルを依存関係を解決した一つのファイルにまとめること」ということで、だいたいbundle.jsという一つのファイルが出力されてそれをHTMLのスクリプトタグで読み込んでいます。
しかし、ページによって読み込みたいファイルは違うため、タイトルで書いたとおり、（複数ファイル）-> （複数ファイル）でbundleしたいです。entryの部分に複数のファイルを指定するのでは無理そうなので、どのようにすればいいのか質問させていただきました。
いまのwebpack.config.jsは、だれかのQiitaかなにかを見て書いた下のものです。

javascript
1//webpack.config.js
2module.exports = {
3
4  entry: './src/app.jsx',
5
6  output: {
7    path: __dirname + '/dst', 
8    filename: 'bundle.js' 
9  },
10  module: {
11    
12    loaders: [
13      {
14        test: /.jsx$/, 
15        exclude: /node_modules/, 
16        loader: 'babel-loader', 
17        query: {
18          cacheDirectory: true,
19          presets: ['react', 'es2015']
20        }
21      }
22    ]
23  }
24};