ハンバーガーメニューで開いたメニューがリンク先で閉じません

質問したいこと

http://pilgrim-guild.com/flexbox_humburger-menu/
このサイトを参考にハンバーガーメニューを作ったのですが、メニューからリンク先にとぶとリンク先が開かれたときにメニューが開きっぱなしになってしまうのを改善したいです。
jQueryを使いはじめたばかりなので詳しく教えていただけるとうれしいです。
よろしくお願いします。

ソースコード

  <header id="header" role="heading">
    <nav>
      <div class="logo">
        <a href=""><img src="logo.png"></a>
      </div>
      <ul>
        <li><a href="">MENU</a></li>
        <li><a href="">PHOTO</a></li>
        <li><a href="">INFO</a></li>
      </ul>
      <div class="nav__icon">
        <span></span>
        <span></span>
        <span></span>
      </div>
    </nav>
    <!--/Nav-->
  </header>

jQuery(function(){
    jQuery(".nav__icon").on("click", function() {
        jQuery(this).toggleClass("active");
        jQuery("nav ul").slideToggle();
    });


    jQuery(window).resize(function(){
        var w = $(window).width();
        var h = $(window).height();
        var x = 768;
        if (w >= x) {
            jQuery('nav ul').css({ display: 'flex',height: 'auto' });
        }else {
            jQuery('nav ul').css({ display: 'none',height: h + 'px'});
        }
    });
});

@media screen and (min-width:768px){
header {
    background: #FFF;
    width: 100%;
    margin:0 auto;
}
.logo img{
  width:170px;
}
.logo img:hover{
  opacity:0.5;
}
header ul a {
    background: transparent;
    margin: 0;
    padding: 0;
    font-size: 120%;
    vertical-align: baseline;
    text-decoration: none;
    font-family: 'Cantata One', serif;
}

nav {
    max-width: 970px;
    width:80%;
        height: 75px;
    margin: 0px auto;
    display: -webkit-flex;
    display: flex;
        -ms-align-items: center;
    align-items: center;
    position:relative;
}

header ul {
        display: -webkit-flex;
        display: flex;
    list-style: none;
    height:auto;
    position:absolute;
    right:0px;
}

header ul li a {
    margin: 0px 10px;
    padding: 10px;
    border-radius: 5px;
    color:#182d0e;
}
header ul li :hover{
  opacity:0.5;
}
.nav__icon,
.nav__icon span {
    display: none;

}

.nav__icon {
    width: 36px;
    height: 28px;
    margin-right: 10px;
    position: relative;
    cursor: pointer;
}

.nav__icon span {
    background: black;
    position: absolute;
    left: 0;
    width: 100%;
    height: 4px;
    border-radius: 4px;

}

.nav__icon span:nth-of-type(1) {
    top: 0;
}

.nav__icon span:nth-of-type(2) {
    top: 12px;
}

.nav__icon span:nth-of-type(3) {
    bottom: 0;
}

.nav__icon.active span:nth-of-type(1) {
    -webkit-transform: translateY(12px) rotate(-45deg);
    transform: translateY(12px) rotate(-45deg);
}

.nav__icon.active span:nth-of-type(2) {
    display: none;
}

.nav__icon.active span:nth-of-type(3) {
    -webkit-transform: translateY(-12px) rotate(45deg);
    transform: translateY(-12px) rotate(45deg);
}
}

@media screen and (max-width:767px){
    header {
        position: relative;
        z-index: 999;
    }
    header h1 {
        margin: 0 auto;
        }
        header ul {
                -webkit-flex-direction: column;
        flex-direction: column;
        -webkit-justify-content: center;
        justify-content: center;
                background: white;
        position: absolute;
        top: 80px;
        left: 0px;
        width: 100%;
        z-index: 980;
    }
    header ul li {
        padding: 10px;
        text-align: center;
    }
    header ul li a {
                display: block;
        background: transparent;
        margin: 0px;
        padding: 20px;
    }
    header ul li a:hover {
        color: #000;
        background: #fff;
    }
    .nav__icon,
    .nav__icon span {
        display: inline-block;
        transition: all .4s;
        box-sizing: border-box;
        z-index: 999;
        position:absolute;
        right:0;
    }
}
}