CentOS6.8パーテンションがおかしくなってしまった

Question

###前提・実現したいこと
当方、さくらのVPSでウェブサーバーを利用しております。PHPとMYSQL APACHEなどがインストールされています。
さくらのVPSでCentOS6.8のスケールアップを行い、パーテンションを変更していたところ、正しく認識されなくなってしまいました。
現在は、SVNリポジトリー、WEBサーバーの閲覧、MYSQLADMINのログイン画面などは稼働しています。
しかし、WinSCPはログインできません。
やりたかったことはmysqlでクエリエラーが出て調べていくとディスクスペースが足りなくなっているっていうことだったんで、スケールアップして記憶領域を増やしたかったんです。
今は現状回復したいです。
###発生している問題・エラーメッセージ

df -h
Filesystem Size Used Avail Use% Mounted on
/dev/vda3 97G 92G 31M 100% /
tmpfs 939M 0 939M 0% /dev/shm
/dev/vda1 239M 112M 115M 50% /boot
/dev/vda4 97G 92G 31M 100% /

こちらがこうなってしまいました。

df -h
df: `/dev/pts': No such file or directory
df: `/dev/shm': No such file or directory
df: `/proc/sys/fs/binfmt_misc': No such file or directory
Filesystem Size Used Avail Use% Mounted on
/dev/vda3 97G 92G 28M 100% /
sysfs 97G 92G 28M 100% /sys
/dev/vda1 97G 92G 28M 100% /boot
/dev/vda4 97G 92G 28M 100% /


[root@tk2-235-27297 catalog]# lsblk
lsblk: failed to access sysfs directory: /sys/dev/block: No such file or directory
[root@tk2-235-27297 /]# gdisk -l /dev/vda
GPT fdisk (gdisk) version 0.8.10

Problem opening /dev/vda for reading! Error is 6.

###該当のソースコード

[root@tk2-235-27297 tmp]# df -h
Filesystem      Size  Used Avail Use% Mounted on
/dev/vda3        97G   92G   31M 100% /
tmpfs           939M     0  939M   0% /dev/shm
/dev/vda1       239M  112M  115M  50% /boot
/dev/vda4        97G   92G   31M 100% /
[root@tk2-235-27297 tmp]# sgdisk -s /dev/vda
Warning: The kernel is still using the old partition table.
The new table will be used at the next reboot.
The operation has completed successfully.
[root@tk2-235-27297 tmp]# df -h
Filesystem      Size  Used Avail Use% Mounted on
/dev/vda3        97G   92G   31M 100% /
tmpfs           939M     0  939M   0% /dev/shm
/dev/vda1       239M  112M  115M  50% /boot
/dev/vda4        97G   92G   31M 100% /
[root@tk2-235-27297 tmp]# mount --move / /data
mount: Too many levels of symbolic links
[root@tk2-235-27297 tmp]# umount /dev/vda4
[root@tk2-235-27297 tmp]# df -h
Filesystem      Size  Used Avail Use% Mounted on
/dev/vda3        97G   92G   31M 100% /
tmpfs           939M     0  939M   0% /dev/shm
/dev/vda1       239M  112M  115M  50% /boot
/dev/vda4        97G   92G   31M 100% /
[root@tk2-235-27297 tmp]# umount /dev/vda4
umount: /: device is busy.
        (In some cases useful info about processes that use
         the device is found by lsof(8) or fuser(1))
[root@tk2-235-27297 tmp]# umount /dev/vda4 -l
[root@tk2-235-27297 tmp]# yum install lsof
Loaded plugins: fastestmirror, security
Setting up Install Process
Loading mirror speeds from cached hostfile
epel/metalink                                            | 6.5 kB     00:00
 * base: ftp.tsukuba.wide.ad.jp
 * epel: ftp.riken.jp
 * extras: ftp.tsukuba.wide.ad.jp
 * updates: ftp.tsukuba.wide.ad.jp
base                                                     | 3.7 kB     00:00
extras                                                   | 3.4 kB     00:00
updates                                                  | 3.4 kB     00:00
updates/primary_db                                       | 3.6 MB     00:00
Package lsof-4.82-5.el6.x86_64 already installed and latest version
Nothing to do
[root@tk2-235-27297 tmp]# lsof /mnt
lsof: can't fopen(/proc/mounts, "r"): No such file or directory
[root@tk2-235-27297 tmp]# lsof /vda
lsof: can't fopen(/proc/mounts, "r"): No such file or directory
[root@tk2-235-27297 tmp]# umount /dev/vda4
umount: /: not mounted
[root@tk2-235-27297 tmp]# df -h
df: `/dev/pts': No such file or directory
df: `/dev/shm': No such file or directory
df: `/proc/sys/fs/binfmt_misc': No such file or directory
Filesystem      Size  Used Avail Use% Mounted on
/dev/vda3        97G   92G   28M 100% /
sysfs            97G   92G   28M 100% /sys
/dev/vda1        97G   92G   28M 100% /boot
/dev/vda4        97G   92G   28M 100% /

###試したこと
mount umount

###補足情報(言語/FW/ツール等のバージョンなど)
CenoOS6.8

Answer 1

以下のように解決しました。自分では難しかったので知人を頼りました。

リブート→バックアップ→vda4を削除→vda3を拡張→e2fsck→resize2fs

参考にしたサイト
http://docs.aws.amazon.com/ja_jp/AWSEC2/latest/UserGuide/storage_expand_partition.html#expanding-partition-gdisk

Answer 2

まず、/ (ルート)が 100% となっているので、リザーブ領域を減らして利用できる容量を増やすといいと思います。

(Ext4 ファイルシステムのリザーブ領域を 5% → 4% に)
# tune2fs -m 4 /dev/vda3
# tune2fs -m 4 /dev/vda4

次に、最悪の場合を想定して、データの保全を優先してください。
scp が利用できるようになったら、リモートコピーするなど。

/dev/pts, /dev/shm は元はディレクトリですが、/ (ルート) が 100% の影響で消えてしまったのかもしれません。OS を再起動すれば戻ると思います。
/proc はよくわかりません。

vda3, vda4 が同じサイズ、使用量に見えますが、df (-h なし) でも同じですか？
どちらかが /data だったということでしょうか？
fdisk -l /dev/vda および /etc/fstab の情報を教えてください。

Comments

[sankuta]

アドバイス誠にありがとうございます。

/dev/vda4がもともと/dataにマウントされていました。
これが元のパーテンションです。

Filesystem Type Size Used Avail Use% Mounted on
/dev/vda3 ext4 97G 92G 34M 100% /
tmpfs tmpfs 939M 0 939M 0% /dev/shm
/dev/vda1 ext4 239M 112M 115M 50% /boot
/dev/vda4 ext4 99G 60M 94G 1% /data

//最初マウントを動かしたときは下記のようにやりました。
[root@tk2-235-27297 tmp]# mount --move /data /
[root@tk2-235-27297 tmp]# mount
/dev/vda3 on / type ext4 (rw)
proc on /proc type proc (rw)
sysfs on /sys type sysfs (rw)
devpts on /dev/pts type devpts (rw,gid=5,mode=620)
tmpfs on /dev/shm type tmpfs (rw)
/dev/vda1 on /boot type ext4 (rw)
none on /proc/sys/fs/binfmt_misc type binfmt_misc (rw)
/dev/vda4 on / type ext4 (rw)
[root@tk2-235-27297 tmp]# gdisk -l /dev/vda
GPT fdisk (gdisk) version 0.8.10
[root@tk2-235-27297 tmp]# lsblk
NAME MAJ:MIN RM SIZE RO TYPE MOUNTPOINT
vda 252:0 0 200G 0 disk
|-vda1 252:1 0 250M 0 part /boot
|-vda2 252:2 0 2G 0 part [SWAP]
|-vda3 252:3 0 97.8G 0 part /
`-vda4 252:4 0 100G 0 part
sr0 11:0 1 1024M 0 rom

//領域が増えていないみたいだったので、元に戻そうとしました。
[root@tk2-235-27297 tmp]# mount --move / /data
mount: Too many levels of symbolic links
[root@tk2-235-27297 tmp]# umount /dev/vda4
umount: /: device is busy.
(In some cases useful info about processes that use
the device is found by lsof(8) or fuser(1))
[root@tk2-235-27297 tmp]# umount /dev/vda4 -l

//上記の（）の部分の英語をネットで調べてこれのインストールを行いました。
[root@tk2-235-27297 tmp]# yum install lsof
Loaded plugins: fastestmirror, security
Setting up Install Process
Loading mirror speeds from cached hostfile
epel/metalink | 6.5 kB 00:00
* base: ftp.tsukuba.wide.ad.jp
* epel: ftp.riken.jp
* extras: ftp.tsukuba.wide.ad.jp
* updates: ftp.tsukuba.wide.ad.jp
base | 3.7 kB 00:00
extras | 3.4 kB 00:00
updates | 3.4 kB 00:00
updates/primary_db | 3.6 MB 00:00
Package lsof-4.82-5.el6.x86_64 already installed and latest version
Nothing to do
[root@tk2-235-27297 tmp]# lsof /mnt
lsof: can't fopen(/proc/mounts, "r"): No such file or directory
[root@tk2-235-27297 tmp]# lsof /vda
lsof: can't fopen(/proc/mounts, "r"): No such file or directory
[root@tk2-235-27297 tmp]# umount /dev/vda4
umount: /: not mounted

//そしたら、結果こうなってしまいました。
[root@tk2-235-27297 tmp]# df -h
df: `/dev/pts': No such file or directory
df: `/dev/shm': No such file or directory
df: `/proc/sys/fs/binfmt_misc': No such file or directory
Filesystem Size Used Avail Use% Mounted on
/dev/vda3 97G 92G 28M 100% /
sysfs 97G 92G 28M 100% /sys
/dev/vda1 97G 92G 28M 100% /boot
/dev/vda4 97G 92G 28M 100% /

tune2fs -m 4 /dev/vda3
こちらは
tune2fs 1.41.12 (17-May-2010)
tune2fs: No such device or address while trying to open /dev/vda3
Couldn't find valid filesystem superblock.
```

となり実行できませんでした。
[root@tk2-235-27297 admin]# df
df: `/dev/pts': No such file or directory
df: `/dev/shm': No such file or directory
df: `/proc/sys/fs/binfmt_misc': No such file or directory
Filesystem 1K-blocks Used Available Use% Mounted on
/dev/vda3 100762004 95552144 84692 100% /
sysfs 100762004 95552144 84692 100% /sys
/dev/vda1 100762004 95552144 84692 100% /boot
/dev/vda4 100762004 95552144 84692 100% /

fdisk -l /dev/vda
は何も情報が出てきませんでした。
```ここに言語を入力

[root@tk2-235-27297 admin]# fdisk -l /dev/vda
[root@tk2-235-27297 admin]# fdisk -l /etc/fstab

Disk /etc/fstab: 0 MB, 0 bytes
255 heads, 63 sectors/track, 0 cylinders
Units = cylinders of 16065 * 512 = 8225280 bytes
Sector size (logical/physical): 512 bytes / 512 bytes
I/O size (minimum/optimal): 512 bytes / 512 bytes
Disk identifier: 0x62326534

[TaichiYanagiya]

"mount --move /data /" で /data を既存のマウントポイント(/) に上書きでマウントしようとしたのが原因です。
どのような意図で "--move" を使ったのかわかりませんが、reboot (またはリセット)するしかないと思います。

[sankuta]

今満タンになっているディスク領域を増やしたかったんです。
テクサポから連絡がはいりましたが

お客様はマウントポイントが間違っておられますので正しい設定を行なってください
ますようお願いいたします。
お客様のサーバ内部の話となりますので、弊社では対応することが出来ません
とのことでした。

vd3を拡張したいということであれば動作の保障などはできませんが、
下記のサイトをご参照くださいますようお願いいたします。
ということで下記URLを教えていただきました。
http://knowledge.sakura.ad.jp/tech/925/

私のしたかったことはそう単純ではなかったようです。

[TaichiYanagiya]

最後のパーティションであれば拡張できます。
vda3 を拡張するのであれば、幸い vda4 のデータ使用量が少ないので、vda3 に統合するといいと思います。
一旦、vda4 (/data) のデータのバックアップをとり、vda4 パーティションを削除後、vda3 パーティションを拡張、e2fsck、resize2fs、/data 復旧の手順となると思います。

[sankuta]

コメントありがとうございます。/dataは手順に沿ってマウントするときに作ったディレクトリですので、データは入っていません。
上記のことを仮にできるとして、行うとしてもいったんRebootしてからのほうが良いのでしょうか？
ご教示いただければ幸いです。

[TaichiYanagiya]

今の状態では操作もままならないと思います。
reboot して元の状態に戻してからです。

[sankuta]

コメントありがとうございます。Rebootして挑戦してみます。