Cordovaアプリの正しい開発方法を教えてください

Question

iOS版とAndroid版のCordovaアプリを、それぞれmacとWindows(+AndroidStudio）で開発しています。

それぞれcordovaをインストールし、プラットフォームを追加しました。

この状態cordova build を行うと、プラットフォーム直下のソースはプロジェクトルート直下のwwwディレクトリで上書きされてしまいます。設定したアイコン等のリソース情報も消えてなくなったと記憶しています。

なのでcordova buildをしないように気を付けて、プラットフォーム直下のソースを編集するようにしています。

本来であればどのような手順でソース編集・ビルドしていけば良いのでしょうか？
IDEはプラットフォーム直下のソースをターゲットとしてコンパイルするのでそこのソースを編集する以外ないと思うのですが、そうなるとプロジェクト直下のwwwの意味が分からなくなります。

基本的な内容だとは思うのですが、うまく情報を見つけられなかったためこちらで質問させていただきます。
宜しくお願い致します。