URLスキームによる別アプリの起動ができない

業務アプリで、納期も迫っていたこともあったため、アシアル様（Monacaの運営会社）へ質問して、
回避策をいただきましたので、ご紹介します。
※アシアル様に、teratailへ記載してもいいと許可もらいました。

以下、いただいた回避策を抜粋して記載します。

iOS 9以降では、アプリ内からURLスキームを利用して他のアプリを起動させる場合は、
ネイティブ側の機能が必要になるため、アプリ内のHTMLタグからのURL指定で、他のアプリを起動させることはできません。
（私の場合、iOS 10.3のため、起動不可ということになりました。）

以下、回避策１，２共に、URLスキームが「myapp」とします。

■回避策1：config.xmlに下記の設定を行うことで、aタグから指定したカスタムURLのアプリを起動する

★この設定はMonacaデバッガーでは、確認することはできません。
ビルドを行い、実機にて確認していただく必要があります。

・使用例：
<a href="myapp://">Call URLScheme</>

config.xmlの「widget」タグ配下に、下記を追加します。
<platform name="ios">
<config-file target="*-Info.plist" parent="LSApplicationQueriesSchemes">
<array>
<string>myapp</string>
</array>
</config-file>
</platform>

config.xmlを編集した場合、記述内容によっては、アプリが正常に動作しなくなる場合がございますので、ご注意ください。
（私的には万が一に備え、編集前にバックアップを取ることをお勧めします。）

余談ですが、configに記載した内容は、
Objective-Cで作成したアプリの場合のURLスキーム起動だと、info.plistに設定する内容と同じになるのでは？と思います。（たぶん）

■回避策2：「InAppBrowser」プラグインを利用し、「target」を「_system」に設定することで、システムブラウザーを起動する

iOS端末の場合は、Safariが起動いたしますので、システムブラウザーに「カスタムURL」を渡すことで、
カスタムURLのアプリを起動させることを確認しております。

・使用例：
<a href="#" onclick="callURLScheme();">Call URLScheme</>

function callURLScheme() {
window.open = cordova.InAppBrowser.open;
window.open("myapp://", "_system", 'location=yes');
}

・InAppBrowser プラグイン（Monacaのドキュメント）
https://docs.monaca.io/ja/reference/cordova_6.5/inappbrowser/

デバッガーでも動作を確認することができます。

但し、この場合、システムブラウザー（Safari）を利用することで回避しているので、
今後、もし、Apple側の仕様で、Safariから利用できなくなった場合には、回避策２は利用できなくなるとのことでした。

両回避策とも、URLスキームでのアプリ起動が出来ました。
都度、ビルドするのも手間だったので、回避策２でデバッガーから起動等を確認しつつ、
最終的には、回避策１でビルドし実機へ搭載して確認する、という方法を採る予定です。

ヒントになるかどうか分かりませんが、Monacaデバッガー等でログの確認は行っておられますか？
Monacaで開発したアプリはブラウザで動作しているようなものですので、セキュリティ的に他のアプリが起動できないような制御がかかっているかもしれません。
起動側（Aアプリ）に対し、Bアプリは安全なので起動しても良いというようなことを明示してやる可能性がある、かもしれません。
もし「起動しようとはするがセキュリティ関連の制御で起動できない」という状況なのであれば、何かしらのメッセージがコンソールログに表示されているはずです。

Androidであればこういったプラグインもありますが、iOSはセキュリティ関連が結構厳しいということも耳にします。

まずは問題点の把握が必要、もしセキュリティ関連の問題だということが判明すれば次のステップに進めると思い回答しました。