phpMyAdmin と MySQL の違いもよくわからないような状態で、そういったアプリを作るのは少々荷が重いような気がします・・・。
緯経度はとりあえず置いといて、PHP で MySQL サーバーに接続し、データベースからデータを検索・取得する事から始めましょう。Webアプリの基本中の基本ですので、「一行掲示板を作って見よう!」といった題材で多くの入門書や解説サイトで取り扱われているので、それを読んで学習をすすめてください。
次に地図へのプロットですが自力での実装はそれなりの技術と時間が必要です。今日では Google Maps API を使って Google Maps に緯度・経度情報を渡して、該当の場所にピンや吹き出しを表示させる方法が一般的でしょう。よくチェーン店の店舗情報ページで出てくるやつです(例:丸亀製麺 店舗検索ページ)。ただし多くのサービスでは商用利用や大量アクセスを伴う場合は利用料がかかるので注意してください。
ちなみに私がインターネットに接続できない環境(= Google Maps 等のオンラインサービスが使えない)でやったときはインラインSVGを使いました。Wikipediaで公開されているSVGの日本地図を背景にして、そこに表示したい場所の緯度・経度を地図の座標に変換して丸を描写、という方法をとりました。