npm config set [bin-links | optional] の副作用は何が考えられますか？

Question

###npmでのWORNING、ERRORを回避する方法はいくつかありますが…
今はGoogleのWeb Starter Kitにて出ている問題ではありますが、他のプロジェクトでもnpm WARN deprecatedが散見されます。
またchromebook(chromebrew)で書いているため、ファイルシステムの制限上シンボリックリンクを行えず、下記のacornのERRの行のようなことも起こります。
macos以外だとnpm WARN optional fseventsもよく見るのではないでしょうか。

npm WARN deprecated minimatch@2.0.10: Please update to minimatch 3.0.2 or higher to avoid a RegExp DoS issue
npm WARN deprecated minimatch@0.2.14: Please update to minimatch 3.0.2 or higher to avoid a RegExp DoS issue
npm WARN deprecated graceful-fs@1.2.3: graceful-fs v3.0.0 and before will fail on node releases >= v7.0. Please update to graceful-fs@^4.0.0 as soon as possible. Use 'npm ls graceful-fs' to find it in the tree.
npm WARN optional SKIPPING OPTIONAL DEPENDENCY: fsevents@1.1.2 (node_modules/fsevents):
npm WARN notsup SKIPPING OPTIONAL DEPENDENCY: Unsupported platform for fsevents@1.1.2: wanted {"os":"darwin","arch":"any"} (current: {"os":"linux","arch":"arm"})
npm ERR! path ../acorn/bin/acorn
npm ERR! code EPERM
npm ERR! errno -1
npm ERR! syscall symlink

WARNINGだけでしたら無視するという選択肢もありみたいですが、私は結構気にしてしまいます。

ネット上には回避方法として

npm install --no-bin-links --no-optional

を使うという方法が書かれているところがありますので、
それを元に、以下のようにnpm config setを使ってWORNINGを回避しています。

npm config set bin-links false
npm config set optional false

現在のところこれでうまく動いているのではありますが、根本的な問題を解決したわけではないので今後もうまく動くのかわからないという漠然とした不安があります。

###質問の本題
そこで教えていただきたいのは、npm config set を使った場合におこりえる副作用、隠れた問題はなにがあるのか？

もしくは最初に書きましたWORNING、ERROR群の根本的な解決方法がありましたら教えて下さい。
以上よろしくお願いします。