PHP5.1からPHP5.3へ移行したバッチが動かない。

オンプレからAWSへサイトの移行作業をしています。
その際にPHPの5.1から5.3へバージョンを変更しました。

そのサイトの中でcronでPHPファイルをうごかしているのですが、そのバッチが動かずに困っています。

foo.php の中で、hoge.phpを
system ( string $command [, int &$return_var ] )
を使用し動かしています。

foo.phpの標準出力の内容は、ターミナルから手でバッチを叩くと標準出力が表示されるのですが、
hoge.phpの内容は、foo.phpの中からsystemを使用し読んでも、
直接、foo.phpを手でターミナルから、叩いても標準出力がされず、foo.phpの中のPHPの内容が動いているのか不明な状況です。エラーの内容も特に表示されません。

foo.phpからsystem関数を使用した$return_varは、0で正常終了で返ってきます。

このような場合、PHPの実行pathと実行権限など以外にほかに何か原因は考えられるのでしょうか。
また、foo.phpの中でdefine()などで他のPHPのファイルも読んでいます。

よろしくお願いいたします。