カンマ区切りでのデータ読込と出力

###前提・実現したいこと

ディレクトリ内にあるファイル内の数値データ（カンマ区切り）を読み込み、
中心差分の計算を行った後、カンマ区切りでそれぞれの数値をファイルに出力していく
というプログラムを作成したいと考えています。
数値データを読み込み、計算するまでは行えたのですが、
ファイルへの出力が上手く出来ない状態です。

ご協力・コメント等いただけたら幸いです。

###発生している問題・エラーメッセージ

特になし
しかし、np.savetxt()で新たにファイルを作成して書き込みを行っているためか
最後の計算結果のみしか書き込みがされていません。
改行して次の計算結果を同じファイル内に追記していくという方法で出力したい
と考えています。

###該当のソースコード

import numpy as np

dt = 0.0003
f = 100
f2 = 200
f3 = 300
a = 'He_re1000_vor-0'

'''ファイル名の指定'''
for file in range(0,5):

data1
1```data2 = np.loadtxt(a+str(f2),delimiter=',',skiprows=1)
2```data3 = np.loadtxt(a+str(f3),delimiter=',',skiprows=1)
3
4'''中心差分の計算とファイル出力'''
5```for line in range(0,3):
6``````dvorx = [((data3[line,4]-data2[line,4])-(data2[line,4]-data1[line,4]))/(2*dt)]
7``````dvory =[((data3[line,5]-data2[line,5])-(data2[line,5]-data1[line,5]))/(2*dt)]
8``````dvorz = [((data3[line,6]-data2[line,6])-(data2[line,6]-data1[line,6]))/(2*dt)]
9``````np.savetxt(dvorx)
10``````line += 1
11```print('He_re1000_dvort-0'+str(f2)+'_OK')
12
13```f += 100
14```f2 += 100
15```f3 += 100
16```file += 1
17
18
19###試したこと
20
21以前はstr()やnp.float64関係でのエラーが頻発していたので
22文字型の問題かと思い、List化してから出力するようにしてから
23書き込みが出来るようになりました。
24
25###補足情報(言語/FW/ツール等のバージョンなど)
26プログラム環境 Python 3.6 Spyder
27
28操作したいファイル名
29He_re1000_vor-0100
30He_re1000_vor-0200
31He_re1000_vor-0300
32・・・
33He_re1000_vor-10900
34
35※それぞれのファイル内には
36点番号，座標データx,y,z,数値データ①,②,③
37というデータが1,500,000行入っています。

pashango2

2017/07/07 09:31

中心差分の計算とファイル出力の部分を見ると、最後の結果を繰り返しファイルに書き込んでいます、コードのインデントがなくなっているので、コードを```(Shift+@)で囲んで下さい

行動規範の内容に同意します

回答1件

ベストアンサー

まず、numpy.savetxt() はファイルにデータを追記するのではなく、行列を一気にファイルに書き込みますので、ループで回すと最終結果だけが毎回上書きされてしまいます。

で、対応する方法ですが・・・、
順番に説明します。

現状のコードでは（ソースコードが崩れて記載されているので若干想定が入りますが）、data1,data2,data3 にそれぞれ (1,500,000 x 7) の行列が入っているかと思います。
それを

Python
1for line in range(3):

と行ごとにループを行い、更にループ内で

Python
1    dvorx = [((data3[line,4]-data2[line,4])-(data2[line,4]-data1[line,4]))/(2*dt)]
2    dvory = [((data3[line,5]-data2[line,5])-(data2[line,5]-data1[line,5]))/(2*dt)]
3    dvorz = [((data3[line,6]-data2[line,6])-(data2[line,6]-data1[line,6]))/(2*dt)]

と5列目(index=4),6列目(index=5),7列目(index=6)それぞれで dvorx,dvory,dvorz のデータを算出しているようです。

しかしながら、この部分は行列演算で使うことで、

Python
1dvor = ((data3[:,4:7]-data2[:,4:7])-(data2[:,4:7]-data1[:,4:7]))/(2*dt)

と一行で全データの計算を行うことができます。

data1[:,4:7] は行列data1より5列目・6列目・7列目のみを切り出した (1,500,000 x 3) の行列となります。

その結果dvorには **(1,500,000 x 3)**の(結果が入った)行列を得ることができます。

よって、この行列を

Python
1np.savetxt("output_file.csv", dvor, delimiter=',')

とすることで、全結果が入ったCSVファイルを作成することができます。

【補足】
非常に細かい事ですが

Python
1for file in range(0,5):

は、file に 0,1,2,3,4 の値を順番に入れてループがまわります。
よって

Python
1file += 1

は不要です。

line += 1 も同様です。

投稿2017/07/07 16:20

magichan

総合スコア15898

SUGATAKA

2017/07/08 01:07

magichanさん早速の回答ありがとうございました！参考にさせていただき、コードを書き直し、無事、狙った値を出力することが出来ました！かなり簡単にコードがかけてしまって・・・自分の勉強不足を痛感しています。後は、これを元に座標データも同時に出力できるよう改良を加えていきたいと思います。 pashango2さんをはじめ、閲覧していただいた方もありがとうございました。

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