数値を読み込んでグラフ化したい

Question

いつもお世話になっております。
###発生している問題・エラーメッセージ

with open("aiueo.csv", "rb") as f:

読み込もうとしているファイルを

ax.plot(f[:,10], f[:,9], "x", color="r", ms=24, mew=0.5)

という風に実行しようと試みたが、

TypeError: 'file' object has no attribute '__getitem__'

というエラーメッセージが出てきてしまい実行することが出来なかった。

"aiueo.csv"に関してはOpenCVで動画分析を行ってその座標がプログラムで打ち込まれるようになっています。

追記

d = genfromtxt("example.csv", delimiter=",")   # データ読み込み 計画線量
"tail -f aiueo.csv | python this program.py"
with open('aiueo.csv', 'rb') as f:
  rows = csv.reader(sys.stdin)
  next(rows) # ヘッダを捨てる
  for row in rows:
    print float(row[0]) # 最初のカラムを数値として表示
    
fig = pyplot.figure(figsize=(16,9))

  
# 全体を2x2に分割し、１枚目(左半分)に描写
ax = fig.add_subplot(121, projection='3d')
ax.set_xlabel("X-axis")
ax.set_ylabel("Y-axis")
ax.set_zlabel("Z-axis")
ax.set_xlim(-30, 30)
ax.set_ylim(-40, 20)
ax.set_zlim(100, 200)

ax.plot(d[:,0], d[:,1], d[:,2], "o", color="g", ms=16, mew=0.5)
ax.plot(row[:,8], row[:,9], row[:,10], "x", color="r", ms=16, mew=0.5)

ax.grid(True)

# 全体を2x2に分割し、2枚目(右上)に描写
ax = fig.add_subplot(222)
ax.set_xlabel('X-axis')
ax.set_ylabel('Y-axis')
ax.set_xlim(-30, 30)
ax.set_ylim(-40, 20)

ax.plot(d[:,0], d[:,1], "o", color="g", ms=24, mew=0.5)
ax.plot(row[:,8], row[:,9], "x", color="r", ms=24, mew=0.5)
ax.grid(True)


# 全体を2x2に分割し、3枚目(右下) に描写
ax = fig.add_subplot(224)
ax.set_xlabel('Z-axis')
ax.set_ylabel('Y-axis')
ax.set_xlim(100, 200)
ax.set_ylim(-40,20)

ax.plot(d[:,2], d[:,1], "o", color="g", ms=24, mew=0.5)
ax.plot(row[:,10], row[:,9], "x", color="r", ms=24, mew=0.5)


ax.grid(True)


f.close()
cv2.destroyAllWindows()		
src.release()	
rec.release()
fig.show()
pyplot.pause(0.1)

pyplot.pause(interval)にしたら上手くいくかも？みたいな記事を読んでみたのですがそれでも失敗しました。

###補足情報(言語/FW/ツール等のバージョンなど)
windows10
python2.7
matplotlib
spyder
OpenCV

Answer 1

f は行の内容でなく file オブジェクトです。
CSV のフォーマット指定がされていませんので、CSV ファイルの読み方で回答しておきます。

import csv

with open("meisai.csv", "rb") as f:
  rows = csv.reader(f)
  next(rows) # ヘッダを捨てる
  for row in rows:
    print float(row[0]) # 最初のカラムを数値として表示

Comments

[Penefax]

ご回答ありがとうございます。
この内容で検討してみます。
また、このファイルはリアルタイム的に内容が更新されるのですがそれでも順次読み込むことは可能でしょうか？

[mattn]

その場合、その様に作り変えないと動きません。簡単な方法ですが "tail -f そのファイル.csv | python このプログラム.py" と実行しておき、csv.reader(sys.stdin) に変えると tail コマンドがファイルの追加をうまい具合に処理してくれます。

[Penefax]

ご回答ありがとうございます。
"tail -f そのファイル.csv | python このプログラム.py" というのはこのプログラム.py内で実行すればよいのでしょうか？
また、ax.plot内のfはそのままで大丈夫なのでしょうか？
書き換えて走らせてみましたが、先ほどと同様にTypeError: 'file' object has no attribute '__getitem__'が出てきてしまいました。

[mattn]

コマンドの実行方法はその通りです。また ax.plot の f は row に置き換えて下さい。row は csv でいう行です。

[Penefax]

言われたとおりに試してみたのですが、「 "tail -f 0deg result.csv | python transform.py"
IndentationError: unindent does not match any outer indentation level」というのが出てきました。(^が終わりの　"　の下についています)
エラーコードの意味を調べてみると、「Traceback (most recent call last): File "<stdin>", line 1, in <module>」このエラーコードも関係しているのかなと思いました。
どうしたらよいでのしょうか？

[mattn]

IndentationError はプログラムを書く際のインデントのミスで発生します。タブやスペースでインデントがずれてないでしょうか？

[Penefax]

IndentationError解決しました。ありがとうございます。
プログラムは走るようになったのですが、動画が流れて終了後にグラフが出ていたのですがなぜか応答なしになってしまいます。それはプログラムの上下関係なのでしょうか。目的としては動画と同時にグラフが表示されかつ打ち込まれるようにしたいのですが。

[mattn]

グラフを出す処理をどの様にコードに入れておられるのか分かりませんのでコメントできませんが、グラフを描画するライブラリが逐次更新可能な物なのであれば、最初に空のグラフを表示し、読み込むたびにプロットする様に作るべきかと思います。

[Penefax]

d = genfromtxt("example.csv", delimiter=",") # データ読み込み　
"tail -f aiueo.csv | python this program.py"
with open('aiueo.csv', 'rb') as f:
rows = csv.reader(sys.stdin)
next(rows) # ヘッダを捨てる
for row in rows:
print float(row[0]) # 最初のカラムを数値として表示

fig = pyplot.figure(figsize=(16,9))

# 全体を2x2に分割し、１枚目(左半分)に描写
ax = fig.add_subplot(121, projection='3d')
ax.set_xlabel("X-axis")
ax.set_ylabel("Y-axis")
ax.set_zlabel("Z-axis")
ax.set_xlim(-30, 30)
ax.set_ylim(-40, 20)
ax.set_zlim(100, 200)

ax.plot(d[:,0], d[:,1], d[:,2], "o", color="g", ms=16, mew=0.5)
ax.plot(row[:,8], row[:,9], row[:,10], "x", color="r", ms=16, mew=0.5)

ax.grid(True)

# 全体を2x2に分割し、2枚目(右上)に描写
ax = fig.add_subplot(222)
ax.set_xlabel('X-axis')
ax.set_ylabel('Y-axis')
ax.set_xlim(-30, 30)
ax.set_ylim(-40, 20)

ax.plot(d[:,0], d[:,1], "o", color="g", ms=24, mew=0.5)
ax.plot(row[:,8], row[:,9], "x", color="r", ms=24, mew=0.5)
ax.grid(True)

# 全体を2x2に分割し、3枚目(右下) に描写
ax = fig.add_subplot(224)
ax.set_xlabel('Z-axis')
ax.set_ylabel('Y-axis')
ax.set_xlim(100, 200)
ax.set_ylim(-40,20)

ax.plot(d[:,2], d[:,1], "o", color="g", ms=24, mew=0.5)
ax.plot(row[:,10], row[:,9], "x", color="r", ms=24, mew=0.5)

ax.grid(True)

f.close()
cv2.destroyAllWindows()
src.release()
rec.release()
fig.show()
pyplot.show()

醜くて大変恐縮ですが、このようにしています。ご指摘いただいた点を踏まえた上でコードを書いてみたのですが、うまく走りませんでした。

[mattn]

すみません。python はインデントが重要な言語ですので、インデントが崩れないところに張り付けて頂いていいでしょうか？もしくは質問文に以下の様に追記して貰えますか。

```python
ここに張り付け
```

[Penefax]

質問文に追記させていただきました。すみませんがよろしくお願いします。

[mattn]

データを持っていないので試せませんが、この様にグラフを表示したあとでプロットしてはどうでしょうか？

https://gist.github.com/mattn/de64e4c8c2ba20e3f5cd939426e9079a

[Penefax]

拝見させていただきました。
#tail -f aiueo.csv | python this program.pyや#ax.set_zlabel("Z-axis")、#ax.set_zlim(100, 200)がメモ書きになっているのはどういうことなのでしょうか

[mattn]

単に僕の環境で 3d に出来なかったという理由です。

[Penefax]

そういうことですね。ありがとうございます。もう少し試行錯誤してみます。
また、何かあると思いますのでその時には是非よろしくお願いします。