process.argv でコマンドライン引数を受け取れない

###前提・実現したいこと
Node.js でコンソールアプリケーション(自作プログラミング言語「Xemime」で書かれたソースファイルを js ファイルに変換するトランスパイラ)を開発しています。
2つのコマンドライン引数で2つのファイル名を指定し、
1つ目の引数で指定されたファイルを変換したものを
2つ目の引数で指定したファイル名で保存する、といったものです。

以下の4つのファイルが、同じ transpiler フォルダに入っています。

package.json
index.js (エントリーポイント)
sample.xemime
out.js (このコンソールアプリによって生成されるファイル)

###発生している問題・エラーメッセージ

transpiler フォルダがカレントディレクトリになっている状態で、
コマンドライン上でnode index.js "sample.xemime" "out.js"を実行すれば
正しく変換処理が行われエラーを吐かずに終了します。

しかしnpm link を実行して xemime-transpiler コマンドを使えるようにした後
xemime-transpiler "sample.xemime" "out.js"を実行したところ、
index.js が呼び出されてはいますがコマンドライン引数の3つ目(インデックスでは2)以降が取得できず
エラーを吐いてしまいます。

C:\xampp\htdocs\Xemime\transpiler> xemime-transpiler "sample.xemime" "out.js"
fs.js:549
  return binding.open(pathModule._makeLong(path), stringToFlags(flags), mode);
                 ^

TypeError: path must be a string
    at TypeError (native)
    at Object.fs.openSync (fs.js:549:18)
    at Object.fs.readFileSync (fs.js:397:15)
    at Object.<anonymous> (C:\Users\user\AppData\Roaming\npm\node_modules\xemime-transpiler\index.js:155:14)
    at Module._compile (module.js:409:26)
    at Object.Module._extensions..js (module.js:416:10)
    at Module.load (module.js:343:32)
    at Function.Module._load (module.js:300:12)
    at Function.Module.runMain (module.js:441:10)
    at startup (node.js:139:18)

###該当のソースコード
以下は package.json のソースコードです。

json
1{
2  "name": "xemime-transpiler",
3  "version": "1.0.0",
4  "main": "index.js",
5  "description": "This is the transpiler that converts Xemime code to JavaScript code.",
6  "scripts": {
7    "test": "echo \"Error: no test specified\" && exit 1"
8  },
9  "repository": {
10    "type": "git",
11    "url": "git+https://github.com/0918nobita/Xemime.git"
12  },
13  "keywords": [
14    "transpiler"
15  ],
16  "author": "0918nobita",
17  "license": "GPL-3.0",
18  "bugs": {
19    "url": "https://github.com/0918nobita/Xemime/issues"
20  },
21  "homepage": "https://github.com/0918nobita/Xemime#readme",
22  "preferGlobal": true,
23  "bin": {
24    "xemime-transpiler": "index.js"
25  }
26}

以下は index.js のソースコードです。

javascript
1'use strict';
2const fs = require('fs');
3/*
4    この部分に generateSyntaxTree 関数と XemimeTranspiler クラスの定義がありますが、
5    この件と一切関連のない部分なので省略してあります。
6*/
7var transpiler = new XemimeTranspiler;
8var src = fs.readFileSync(process.argv[2], 'utf-8');
9var tree = generateSyntaxTree(src.replace(/\r?\n/g,''));
10var result = '';
11for (var i = 0; i < tree.length; i++) {
12    result += (transpiler.trans(tree[i]) + ';');
13}
14fs.writeFile(process.argv[3], result);