process.argv でコマンドライン引数を受け取れない

前提・実現したいこと

Node.js でコンソールアプリケーション(自作プログラミング言語「Xemime」で書かれたソースファイルを js ファイルに変換するトランスパイラ)を開発しています。
2つのコマンドライン引数で2つのファイル名を指定し、
1つ目の引数で指定されたファイルを変換したものを
2つ目の引数で指定したファイル名で保存する、といったものです。

以下の4つのファイルが、同じ transpiler フォルダに入っています。

• package.json
• index.js (エントリーポイント)
• sample.xemime
• out.js (このコンソールアプリによって生成されるファイル)

発生している問題・エラーメッセージ

transpiler フォルダがカレントディレクトリになっている状態で、
コマンドライン上でnode index.js "sample.xemime" "out.js"を実行すれば
正しく変換処理が行われエラーを吐かずに終了します。

しかしnpm link を実行して xemime-transpiler コマンドを使えるようにした後 
xemime-transpiler "sample.xemime" "out.js"を実行したところ、 
index.js が呼び出されてはいますがコマンドライン引数の3つ目(インデックスでは2)以降が取得できず
エラーを吐いてしまいます。

C:\xampp\htdocs\Xemime\transpiler> xemime-transpiler "sample.xemime" "out.js"
fs.js:549
  return binding.open(pathModule._makeLong(path), stringToFlags(flags), mode);
                 ^

TypeError: path must be a string
    at TypeError (native)
    at Object.fs.openSync (fs.js:549:18)
    at Object.fs.readFileSync (fs.js:397:15)
    at Object.<anonymous> (C:\Users\user\AppData\Roaming\npm\node_modules\xemime-transpiler\index.js:155:14)
    at Module._compile (module.js:409:26)
    at Object.Module._extensions..js (module.js:416:10)
    at Module.load (module.js:343:32)
    at Function.Module._load (module.js:300:12)
    at Function.Module.runMain (module.js:441:10)
    at startup (node.js:139:18)

該当のソースコード

以下は package.json のソースコードです。

{
  "name": "xemime-transpiler",
  "version": "1.0.0",
  "main": "index.js",
  "description": "This is the transpiler that converts Xemime code to JavaScript code.",
  "scripts": {
    "test": "echo \"Error: no test specified\" && exit 1"
  },
  "repository": {
    "type": "git",
    "url": "git+https://github.com/0918nobita/Xemime.git"
  },
  "keywords": [
    "transpiler"
  ],
  "author": "0918nobita",
  "license": "GPL-3.0",
  "bugs": {
    "url": "https://github.com/0918nobita/Xemime/issues"
  },
  "homepage": "https://github.com/0918nobita/Xemime#readme",
  "preferGlobal": true,
  "bin": {
    "xemime-transpiler": "index.js"
  }
}

以下は index.js のソースコードです。

'use strict';
const fs = require('fs');
/*
    この部分に generateSyntaxTree 関数と XemimeTranspiler クラスの定義がありますが、
    この件と一切関連のない部分なので省略してあります。
*/
var transpiler = new XemimeTranspiler;
var src = fs.readFileSync(process.argv[2], 'utf-8');
var tree = generateSyntaxTree(src.replace(/\r?\n/g,''));
var result = '';
for (var i = 0; i < tree.length; i++) {
    result += (transpiler.trans(tree[i]) + ';');
}
fs.writeFile(process.argv[3], result);

試したこと

• node.js, npm のアップデート

補足情報(言語/FW/ツール等のバージョンなど)

• node v4.4.4
• npm v2.15.1
• Windows 10 Pro 64bit