【Javascript】ソース管理について

いつもお世話になっております。
現在、Kintoneでの開発作業を行っています。
その開発の中で、javascriptを組み込んでいるのですが、ソースの量が増えてきて、そろそろしっかりとしたソース管理をしないといけないと考えています。
自作でライブラリを作成して、ソース自体の最適化はされてきているかと思うのですが、その作成した、複数のソースファイルの管理方法をどのようにするか検討しているところです。

現状として、構成管理を使用して管理したいと考えています。
しかし、JSEdit for kintoneというKintoneにアップロードされたJavascriptを直接編集するプラグインを使用して、開発を行っているため、Kintoneに組み込んでいるソースファイルと構成管理されているソースファイルとの同期が取れず、どのように管理するべきか悩んでいます。

そこで、スクリプトを管理する方法で何かアイデアがある方、または、現在、Javascriptを使用したKintone開発を行っている方がいましたら、どのようにスクリプトをソース管理されているか、教えていただけたらと思います。

よろしくお願いします。