サーバーにデータはあるのにnot foundになる

お世話になります。
phpやサーバ等、初心者のためもしかしたら、よくあるバグなのかもしれませんが
質問させて頂きます。

##現状の問題
他の人が作成したスクラッチのphpシステムのbeta版が数ヶ月前まで閲覧が出来ていましたが、1ヶ月前からアクセスしていたURLを閲覧すると「Not Found」が表示されます。
サーバに該当ファイルはない、と表示されていますが、サーバ内にはデータは一式あります。

URLがhttp://◯◯◯.com/beta/?request_uri=https…/

という表示で通常とは異なるURLとなってます。

##試した事
意味がなかったですが、別ディレクトリを作成し、データを入れてみましたが、
設定していたDBのパスが異なる為、違う内容が表示され、閲覧出来ませんでした。

##ご質問

・サーバ上にデータがある
・php内の記述を変更した者が把握出来る限りいない
→アクセス出来る人間が限られている
→閲覧出来ていた時のバックアップデータと内容は一緒

上記の場合で該当ページのURLへアクセスしてNot Foundになる原因は
何が考えられるでしょうか。

##補足：サイトについて
サイトは、公開され運用されています。
今回の問題が発生している箇所は、同じサーバーでテスト環境（/beta/）を作成し、その中の会員限定で利用できるシステム箇所のみです。
データ自体もSSLがかかっているディレクトリの中で、
ログイン画面がSSLフォルダにありますが、そのページはちゃんと表示されています。
ログインIDとPWを入れると通常はマイページが表示されますが、Not Foundになり、会員限定機能のページを直接アクセスしてもNot Foundになっている状況です。

##補足：ファイルについて
ページは、phpとtplファイルで構成され、表示されています。

m.ts10806

2017/06/16 05:09 編集

ドメイン自体が無効になっていたりしませんか？ひとまずドキュメントルート配下に適当なPHPを置き　echo 1;とかしてアクセスしてみてはどうでしょう？

m0nta

2017/06/16 05:13

ドメイン自体は有効です。サイト自体は既に運用されています。そのサイトのテスト環境で閲覧ができなくなってしまっている状態です。。

m.ts10806

2017/06/16 05:24

コメントのタイミング被ってしまったかもしれません。問題の切り分けのための確認です。テスト環境直下に適当なPHPを置いてecho 1;とかでアクセスして正常に動きますか？

m0nta

2017/06/16 05:29

今やってみましたが、表示されています。

yoorwm

2017/06/16 05:33

「通常とは異なるURLとなってます」とありますが、どこの辺が通常と違うのでしょうか？

m0nta

2017/06/16 05:40 編集

通常とは「https://test.com/beta/mypage.php」、現状は「https://test.com/beta/?request_uri=http%3A%2F%2Ftest.com2Fbeta2Fmypage.phpとなっています。また上記のようになっていないURLでも、ファイルは存在し、内容も記載されていても、Not FoundのままのURLもございました。

yoorwm

2017/06/16 05:55

そのURLを生成したページに問題があると思います。

CHERRY

2017/06/16 06:05

状況としては、session や cookie の有効期限が切れたときにログイン画面等へリダイレクトしようとしてリダイレクト先の URL が、間違っていたときのような挙動ですね。 Not found になるということなので、リダイレクト先の URL 間違いやリダイレクトのループ等の可能性がありそうですので、Webサーバのログで、アクセスURL やエラーメッセージが出ていないか確認してください。ログの内容は質問に追記してください。