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bash

bash(Bourne-again-Shell)は sh(Bourne Shell)のインプリメンテーションに様々な機能が追加されたシェルです。LinuxやMac OS XではBashはデフォルトで導入されています。

CMake

CMakeはクロスプラットフォームで作動するオープンソースのビルドシステムです。コマンドライン又は組み込まれた開発環境で使うことができる元のmakefileとプロジェクトファイルを生成します。

VMware

VMwareとは、 ハードウェアで動作するOS上で仮想マシンを作成、実行するソフトウェアです。 Windows上でUNIX系OSを動作させたり、他のOS上で別の仮想OSを動作することが可能です。

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windows7にVMware workstation playerでUNIX仮想環境を構築しFSLを使いたい

benkeigani

総合スコア8

bash

bash(Bourne-again-Shell)は sh(Bourne Shell)のインプリメンテーションに様々な機能が追加されたシェルです。LinuxやMac OS XではBashはデフォルトで導入されています。

CMake

CMakeはクロスプラットフォームで作動するオープンソースのビルドシステムです。コマンドライン又は組み込まれた開発環境で使うことができる元のmakefileとプロジェクトファイルを生成します。

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投稿2017/06/07 09:42

編集2022/01/12 10:55

windows7にVMware workstaion playerをインストールして、FSLvmの仮想環境を構築してFSLで解析をおこなっている方おられませんか?
FSLのサイトに書いてある手順どおりではFSLeyesが起動できません。Melodicで解析しようとしてもエラーになります。
現在うまく使えている方がおられましたらどのように導入したかご教授いただきたいです。

以下追記です。
導入環境は
ホストOS: Windows 7 professional (64bit)
(メモリ: 32GB, CPU: core i7-4790 3.60GHz)
仮想マシン: VMware Workstation 12 Player
ゲストOS: FSLVm7_64 CentOS 7 Linux distribution
です。

エラーに関しましては、FSLeyesを起動するにはfreeglutが必要らしく、freeglut ver3.0.0をインストールしようとすると、cmakeエラーが起こります。
cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local
というコマンドの実行(ネットで調べた方法です)に対し、以下のようなエラーが出ます。

CMake Error: The following variables are used in this project, but they are set to NOTFOUND.
Please set them or make sure they are set and tested correctly in the CMake files:
OPENGL_glu_LIBRARY (ADVANCED)
linked by target "timer_static" in directory /home/fsluser/freeglut-3.0.0
linked by target "timer" in directory /home/fsluser/freeglut-3.0.0
linked by target "subwin" in directory /home/fsluser/freeglut-3.0.0
linked by target "Fractals_static" in directory /home/fsluser/freeglut-3.0.0
linked by target "Fractals_random" in directory /home/fsluser/freeglut-3.0.0
linked by target "CallbackMaker_static" in directory /home/fsluser/freeglut-3.0.0
linked by target "Fractals_random_static" in directory /home/fsluser/freeglut-3.0.0
linked by target "shapes" in directory /home/fsluser/freeglut-3.0.0
linked by target "CallbackMaker" in directory /home/fsluser/freeglut-3.0.0
linked by target "One_static" in directory /home/fsluser/freeglut-3.0.0
linked by target "Lorenz_static" in directory /home/fsluser/freeglut-3.0.0
linked by target "multi-touch_static" in directory /home/fsluser/freeglut-3.0.0
linked by target "spaceball" in directory /home/fsluser/freeglut-3.0.0
linked by target "One" in directory /home/fsluser/freeglut-3.0.0
linked by target "Resizer" in directory /home/fsluser/freeglut-3.0.0
linked by target "subwin_static" in directory /home/fsluser/freeglut-3.0.0
linked by target "Fractals" in directory /home/fsluser/freeglut-3.0.0
linked by target "Resizer_static" in directory /home/fsluser/freeglut-3.0.0
linked by target "spaceball_static" in directory /home/fsluser/freeglut-3.0.0
linked by target "multi-touch" in directory /home/fsluser/freeglut-3.0.0
linked by target "Lorenz" in directory /home/fsluser/freeglut-3.0.0
linked by target "shapes_static" in directory /home/fsluser/freeglut-3.0.0
linked by target "smooth_opengl3" in directory /home/fsluser/freeglut-3.0.0
linked by target "smooth_opengl3_static" in directory /home/fsluser/freeglut-3.0.0

-- Configuring incomplete, errors occurred!
See also "/home/fsluser/freeglut-3.0.0/CMakeFiles/CMakeOutput.log".
See also "/home/fsluser/freeglut-3.0.0/CMakeFiles/CMakeError.log".

また、Melodicでの解析では、必要となっているファイルサイズと解析に使われているファイルサイズが異なる、というようなエラーが出ます。

同じデータを、MacにインストールしたFSLで解析すると、問題なく実行され、FSLeyesも起動して使えるようです。

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over

2017/06/07 14:51

仮想ソフトウェアが64bit環境実行を可能としている構成でしょうか?
benkeigani

2017/06/08 02:44

コメントありがとうございます。はい、64bit環境実行が可能な環境だと思います。
over

2017/06/08 02:52

初心者マークがついているので念のため確認させてください。64bit環境実行が可能な根拠は何ですか?また、FSLvmを導入した環境詳細を質問文に追記して頂けますでしょうか?
benkeigani

2017/06/08 03:04

とても初心者なので、間違い等何でも指摘していただけましたら幸いです。64bit環境実行が可能であると判断した理由は、ターミナルで$ uname -a のコマンドを実施したところ、x86_64が表示されたからです。環境詳細を追記いたします。
over

2017/06/08 03:24

>ゲストOS: FSLVm7_64 ←これはゲストOS名では?それとも、そういう仮想アプライアンスが提供されているとか?知りたいのはゲストのOS(LinuxであればCentOSとか)でした。アプライアンスであればすいません。私が無知でした。
benkeigani

2017/06/08 03:35

申し訳ありません、ゲストOSとゲストOS名を混同しておりました。FSLvmはCentOS 7 Linux distributionのfairly minimal installであるそうです(FSLのサイトより)。
over

2017/06/08 03:42

そうですか。それでは「FSLのサイトに書いてある手順どおりではFSLeyesが起動できません。Melodicで解析しようとしてもエラーになります。」の状況情報が必要になります。起動しようとしたとき、どのようなエラーが出力されたのか?/var/log/messagesには何が記録されているのか?が足がかりになります。
benkeigani

2017/06/08 03:59

なるほど。質問文にエラーなどの情報を追記いたします。
guest

回答1

0

本筋の回答ではありませんが、取り急ぎ。

freeglut ver3.0.0 は環境依存で、このバージョンでなくてはだめということでしょうか?

そうでなければyumやrpmパッケージで簡単にインストールできそうです。
以下のコマンドでリポジトリに該当パッケージがあるか確認してください。
yum list freeglut

freeglut3が表示されるのであれば双方インストールするほうが良いかも・・・

上記で該当パッケージが表示されるのであれば、以下のコマンドでインストールできます。
yum install -y freeglut

FSLvmなるものがどういう動作をするか不明ですが、develもインストールしておいた方か良いかも・・・
yum install -y freeglut-devel

投稿2017/06/08 13:33

over

総合スコア4309

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benkeigani

2017/06/09 02:09

教えていただき、ありがとうございます。 freeglutは、ver3.0.0でなければならないということはないと思います。 教えていただいたコマンドで、パッケージがあることが確認でき、インストールすることができました。 develもインストールいたしました。その後FSLeyesを起動してみたところ、できなかったのですが、前ははじめの起動画面が出て固まっているだけだったのが、自動的に消えるようになりました。 以下のエラーメッセージが出ていました。 (fsleyes:3415): Gtk-WARNING **: GModule (/usr/lib64/gtk-2.0/2.10.0/immodules/im-ibus.so) initialization check failed: GLib version too old (micro mismatch) (fsleyes:3415): Gtk-WARNING **: Loading IM context type 'ibus' failed *** Error in `/usr/local/fsl/bin/FSLeyes/fsleyes': free(): invalid pointer: 0x00007ff3a0420f40 ***
over

2017/06/09 02:38

glibが古いといわれているようです。 メモリセグメント違反も、このためかもしれません。 CentOS標準リポジトリで配布されているglibがFSLvmといわれるものの推奨バージョンでなかった場合は手動でインストールする必要があるかも? まずは、ご質問者様環境のglibのバージョンとリポジトリにあるglibのバージョンを調べましょう。 導入されているバージョンの確認コマンド > rpm -qa | grep glib リポジトリのバージョン > yum list | grep glib
benkeigani

2017/06/09 02:54

ありがとうございます。 なるほど。 教えていただいたコマンドで確認いたしました。 $ rpm -qa|grep glib libappstream-glib-0.3.6-1.el7.x86_64 glibc-common-2.17-157.el7_3.2.x86_64 json-glib-1.0.2-1.el7.x86_64 glib2-2.46.2-4.el7.x86_64 ModemManager-glib-1.6.0-2.el7.x86_64 glibc-devel-2.17-157.el7_3.2.x86_64 avahi-glib-0.6.31-17.el7.x86_64 glib-networking-2.42.0-1.el7.x86_64 glibc-2.17-157.el7_3.2.x86_64 poppler-glib-0.26.5-16.el7.x86_64 taglib-1.8-7.20130218git.el7.x86_64 pulseaudio-libs-glib2-6.0-9.el7_3.x86_64 libvirt-glib-0.2.3-1.el7.x86_64 spice-glib-0.31-6.el7_3.2.x86_64 glibmm24-2.42.0-1.el7.x86_64 NetworkManager-glib-1.4.0-20.el7_3.x86_64 dbus-glib-0.100-7.el7.x86_64 geocode-glib-3.14.0-2.el7.x86_64 glibc-headers-2.17-157.el7_3.2.x86_64 compat-libpackagekit-glib2-16-0.8.9-1.el7.x86_64 telepathy-glib-0.24.0-1.el7.x86_64 PackageKit-glib-1.0.7-6.el7.centos.x86_64 となりました。 リポジトリのバージョンは $ yum list|greb glib bash: greb: command not found... Exiting on Broken Pipe となりました。
over

2017/06/09 02:57

yum list|greb glib ではなくyum list | grep glib です。 単純にコマンドが間違えているのに気づきましょう。
benkeigani

2017/06/09 03:06

たいへん申し訳ありませんでした。 正しいコマンドだと確認できました。 $ yum list | grep glib ModemManager-glib.x86_64 1.6.0-2.el7 @base NetworkManager-glib.x86_64 1:1.4.0-20.el7_3 @updates PackageKit-glib.x86_64 1.0.7-6.el7.centos @base avahi-glib.x86_64 0.6.31-17.el7 @base compat-libpackagekit-glib2-16.x86_64 0.8.9-1.el7 @anaconda dbus-glib.x86_64 0.100-7.el7 @anaconda geocode-glib.x86_64 3.14.0-2.el7 @anaconda glib-networking.x86_64 2.42.0-1.el7 @anaconda glib2.x86_64 2.46.2-4.el7 @base glibc.x86_64 2.17-157.el7_3.2 @updates glibc-common.x86_64 2.17-157.el7_3.2 @updates glibc-devel.x86_64 2.17-157.el7_3.2 @updates glibc-headers.x86_64 2.17-157.el7_3.2 @updates glibmm24.x86_64 2.42.0-1.el7 @anaconda json-glib.x86_64 1.0.2-1.el7 @anaconda libappstream-glib.x86_64 0.3.6-1.el7 @anaconda libvirt-glib.x86_64 0.2.3-1.el7 @base poppler-glib.x86_64 0.26.5-16.el7 @base pulseaudio-libs-glib2.x86_64 6.0-9.el7_3 @updates spice-glib.x86_64 0.31-6.el7_3.2 @updates taglib.x86_64 1.8-7.20130218git.el7 @anaconda telepathy-glib.x86_64 0.24.0-1.el7 @anaconda ModemManager-glib.i686 1.6.0-2.el7 base ModemManager-glib-devel.i686 1.6.0-2.el7 base ModemManager-glib-devel.x86_64 1.6.0-2.el7 base NetworkManager-glib.i686 1:1.4.0-20.el7_3 updates NetworkManager-glib-devel.i686 1:1.4.0-20.el7_3 updates NetworkManager-glib-devel.x86_64 1:1.4.0-20.el7_3 updates PackageKit-glib.i686 1.0.7-6.el7.centos base PackageKit-glib-devel.i686 1.0.7-6.el7.centos base PackageKit-glib-devel.x86_64 1.0.7-6.el7.centos base avahi-glib.i686 0.6.31-17.el7 base avahi-glib-devel.i686 0.6.31-17.el7 base avahi-glib-devel.x86_64 0.6.31-17.el7 base cglib.noarch 2.2-18.el7 base cglib-javadoc.noarch 2.2-18.el7 base compat-glibc.x86_64 1:2.12-4.el7.centos base compat-glibc-headers.x86_64 1:2.12-4.el7.centos base compat-libpackagekit-glib2-16.i686 0.8.9-1.el7 base compat-libupower-glib1.i686 0.9.20-1.el7 base compat-libupower-glib1.x86_64 0.9.20-1.el7 base compat-poppler022-glib.i686 0.22.5-4.el7 base compat-poppler022-glib.x86_64 0.22.5-4.el7 base dbus-glib.i686 0.100-7.el7 base dbus-glib-devel.i686 0.100-7.el7 base dbus-glib-devel.x86_64 0.100-7.el7 base geocode-glib.i686 3.14.0-2.el7 base geocode-glib-devel.i686 3.14.0-2.el7 base geocode-glib-devel.x86_64 3.14.0-2.el7 base glib-networking.i686 2.42.0-1.el7 base glib2.i686 2.46.2-4.el7 base glib2-devel.i686 2.46.2-4.el7 base glib2-devel.x86_64 2.46.2-4.el7 base glib2-doc.noarch 2.46.2-4.el7 base glib2-fam.x86_64 2.46.2-4.el7 base glibc.i686 2.17-157.el7_3.2 updates glibc-devel.i686 2.17-157.el7_3.2 updates glibc-static.i686 2.17-157.el7_3.2 updates glibc-static.x86_64 2.17-157.el7_3.2 updates glibc-utils.x86_64 2.17-157.el7_3.2 updates glibmm24.i686 2.42.0-1.el7 base glibmm24-devel.i686 2.42.0-1.el7 base glibmm24-devel.x86_64 2.42.0-1.el7 base glibmm24-doc.noarch 2.42.0-1.el7 base jakarta-taglibs-standard.noarch 1.1.2-14.el7_1 base jakarta-taglibs-standard-javadoc.noarch 1.1.2-14.el7_1 base json-glib.i686 1.0.2-1.el7 base json-glib-devel.i686 1.0.2-1.el7 base json-glib-devel.x86_64 1.0.2-1.el7 base libappstream-glib.i686 0.3.6-1.el7 base libappstream-glib-devel.i686 0.3.6-1.el7 base libappstream-glib-devel.x86_64 0.3.6-1.el7 base libverto-glib.i686 0.2.5-4.el7 base libverto-glib.x86_64 0.2.5-4.el7 base libverto-glib-devel.i686 0.2.5-4.el7 base libverto-glib-devel.x86_64 0.2.5-4.el7 base libvirt-glib.i686 0.2.3-1.el7 base libvirt-glib-devel.i686 0.2.3-1.el7 base libvirt-glib-devel.x86_64 0.2.3-1.el7 base poppler-glib.i686 0.26.5-16.el7 base poppler-glib-devel.i686 0.26.5-16.el7 base poppler-glib-devel.x86_64 0.26.5-16.el7 base pulseaudio-libs-glib2.i686 6.0-9.el7_3 updates spice-glib.i686 0.31-6.el7_3.2 updates spice-glib-devel.i686 0.31-6.el7_3.2 updates spice-glib-devel.x86_64 0.31-6.el7_3.2 updates taglib.i686 1.8-7.20130218git.el7 base taglib-devel.i686 1.8-7.20130218git.el7 base taglib-devel.x86_64 1.8-7.20130218git.el7 base taglib-doc.noarch 1.8-7.20130218git.el7 base telepathy-glib.i686 0.24.0-1.el7 base telepathy-glib-devel.i686 0.24.0-1.el7 base telepathy-glib-devel.x86_64 0.24.0-1.el7 base telepathy-glib-vala.x86_64 0.24.0-1.el7 base
over

2017/06/09 04:05

対象パッケージは最新のようですね。 FSLvmなるものの環境要件にglibのバージョンは何かって記載がありますか? 構築するにあたり、参考したURL等ございますか?
over

2017/06/12 03:26

詳しくは見ていませんが、配布OSをデプロイするタイプのものでしょうか? その場合、パッケージ関連で動作しないというのは考えにくいですね。 ちなみに、そのOSはネットワークの設定は終了しておりインターネットを見れる状態でしょうか?
benkeigani

2017/06/12 04:32

はい、そのタイプです。 ネットワークの設定は自分ではおこなっておりませんが、インターネットは見られる状態です。
over

2017/06/12 05:20

一応念のため確認させてください。 ゲストOSがインターネット疎通可能であることは、どのようにして確認されましたか?
benkeigani

2017/06/12 10:47

Applicationsの中にFirefox Web Browserがあり、そちらでWebページが見られることを確認いたしました。間違っておりましたら、ご指摘いただけましたら幸いです。
over

2017/06/13 04:12

> Applicationsの中にFirefox Web Browserがあり、そちらでWebページが見られることを確認いたしました。 仮想ゲストの「Applicationsの中に~」であれば、間違っていません。 手順を全て見てみましたが、躓く箇所が見当たらない感じです。 本手順は全て消化したという理解で宜しいでしょうか? インターネットに接続されている状態でFSLのインストールが正常に終了しているのであれば、問題ないように見受けられます。 インストールは正常に終了したことを確認していますでしょうか? もし、不明であれば、以下を実行して再度インストールを試してみては如何でしょうか? /usr/local/fsl_installer/fslinstaller.py
benkeigani

2017/06/13 05:58

はい、仮想ゲストのApplicationsです。 手順までご確認いただきありがとうございます。オプショナルな手順以外は全て消化しております。インストールの過程でエラーがなかったこととFSLの起動自体はできるので正常に終了したと思っておりましたが、できていなかったのかもしれません。再度インストールを試してみます。
benkeigani

2017/06/15 08:56

再インストールが完了し、fslも起動できます。しかし正常に終了したかどうかは判断できず、問題は解決されていない状態です。
over

2017/06/15 10:17

すいません。再確認させてください。 > fslも起動できます > 問題は解決されていない状態です。 起動できているにも関わらず、何が問題になっているんでしたっけ? その問題が発生しているときに以下のエラーが変わらず出力されているという認識で良いでしょうか? (fsleyes:3415): Gtk-WARNING **: GModule (/usr/lib64/gtk-2.0/2.10.0/immodules/im-ibus.so) initialization check failed: GLib version too old (micro mismatch) (fsleyes:3415): Gtk-WARNING **: Loading IM context type 'ibus' failed *** Error in `/usr/local/fsl/bin/FSLeyes/fsleyes': free(): invalid pointer: 0x00007ff3a0420f40 ***
benkeigani

2017/06/16 04:12

詳しく記載せず、失礼いたしました。 そうです、FSL自体は起動できるものの、その中のFSLeyesは起動できず、書いていただいているエラーが出ます。
benkeigani

2017/06/19 06:12

ありがとうございます。 こちらは試してみようか考えていたところでした。 やってみます。
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